| Back to Build/check report for BioC 3.22: simplified long |
|
This page was generated on 2026-03-27 11:58 -0400 (Fri, 27 Mar 2026).
| Hostname | OS | Arch (*) | R version | Installed pkgs |
|---|---|---|---|---|
| nebbiolo2 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) | x86_64 | 4.5.2 (2025-10-31) -- "[Not] Part in a Rumble" | 4893 |
| Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers) (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X | ||||
| Package 1926/2361 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||||
| scGraphVerse 1.0.0 (landing page) Francesco Cecere
| nebbiolo2 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) / x86_64 | OK | OK | ERROR | |||||||||
| See other builds for scGraphVerse in R Universe. | ||||||||||||||
|
To the developers/maintainers of the scGraphVerse package: - Allow up to 24 hours (and sometimes 48 hours) for your latest push to git@git.bioconductor.org:packages/scGraphVerse.git to reflect on this report. See Troubleshooting Build Report for more information. - Use the following Renviron settings to reproduce errors and warnings. - If 'R CMD check' started to fail recently on the Linux builder(s) over a missing dependency, add the missing dependency to 'Suggests:' in your DESCRIPTION file. See Renviron.bioc for more information. |
| Package: scGraphVerse |
| Version: 1.0.0 |
| Command: /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/bin/R CMD check --install=check:scGraphVerse.install-out.txt --library=/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/site-library --timings scGraphVerse_1.0.0.tar.gz |
| StartedAt: 2026-03-27 04:32:26 -0400 (Fri, 27 Mar 2026) |
| EndedAt: 2026-03-27 04:57:56 -0400 (Fri, 27 Mar 2026) |
| EllapsedTime: 1530.4 seconds |
| RetCode: 1 |
| Status: ERROR |
| CheckDir: scGraphVerse.Rcheck |
| Warnings: NA |
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/bin/R CMD check --install=check:scGraphVerse.install-out.txt --library=/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/site-library --timings scGraphVerse_1.0.0.tar.gz
###
##############################################################################
##############################################################################
* using log directory ‘/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/meat/scGraphVerse.Rcheck’
* using R version 4.5.2 (2025-10-31)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu
* R was compiled by
gcc (Ubuntu 13.3.0-6ubuntu2~24.04) 13.3.0
GNU Fortran (Ubuntu 13.3.0-6ubuntu2~24.04) 13.3.0
* running under: Ubuntu 24.04.4 LTS
* using session charset: UTF-8
* checking for file ‘scGraphVerse/DESCRIPTION’ ... OK
* this is package ‘scGraphVerse’ version ‘1.0.0’
* package encoding: UTF-8
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... INFO
Imports includes 21 non-default packages.
Importing from so many packages makes the package vulnerable to any of
them becoming unavailable. Move as many as possible to Suggests and
use conditionally.
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for hidden files and directories ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking for sufficient/correct file permissions ... OK
* checking whether package ‘scGraphVerse’ can be installed ... OK
* used C compiler: ‘gcc (Ubuntu 13.3.0-6ubuntu2~24.04.1) 13.3.0’
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking ‘build’ directory ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking top-level files ... OK
* checking for left-over files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking code files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* checking whether the package can be loaded ... OK
* checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
* checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
* checking loading without being on the library search path ... OK
* checking dependencies in R code ... OK
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... OK
* checking Rd files ... OK
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... NOTE
Found the following Rd file(s) with Rd \link{} targets missing package
anchors:
classify_edges.Rd: SummarizedExperiment-class
community_path.Rd: SummarizedExperiment-class
compare_consensus.Rd: SummarizedExperiment-class
create_consensus.Rd: SummarizedExperiment-class
cutoff_adjacency.Rd: MultiAssayExperiment-class,
SummarizedExperiment-class
earlyj.Rd: MultiAssayExperiment-class
edge_mining.Rd: SummarizedExperiment-class
generate_adjacency.Rd: SummarizedExperiment-class
infer_networks.Rd: MultiAssayExperiment-class
plotROC.Rd: SummarizedExperiment-class
plotg.Rd: SummarizedExperiment-class
pscores.Rd: SummarizedExperiment-class
selgene.Rd: SingleCellExperiment-class
symmetrize.Rd: SummarizedExperiment-class
toy_counts.Rd: MultiAssayExperiment-class
Please provide package anchors for all Rd \link{} targets not in the
package itself and the base packages.
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking contents of ‘data’ directory ... OK
* checking data for non-ASCII characters ... OK
* checking data for ASCII and uncompressed saves ... OK
* checking line endings in C/C++/Fortran sources/headers ... OK
* checking compiled code ... NOTE
Note: information on .o files is not available
* checking files in ‘vignettes’ ... OK
* checking examples ... OK
Examples with CPU (user + system) or elapsed time > 5s
user system elapsed
stringdb_adjacency 49.025 1.837 76.988
community_path 27.543 0.505 37.509
community_similarity 27.731 0.181 36.170
plot_community_comparison 27.698 0.163 36.010
compute_community_metrics 27.527 0.186 35.091
edge_mining 27.316 0.098 34.359
compute_topology_metrics 26.998 0.230 35.712
plotg 23.054 0.069 23.123
plot_network_comparison 22.984 0.118 23.102
cutoff_adjacency 22.456 0.131 22.588
compare_consensus 22.098 0.129 22.226
create_consensus 22.111 0.073 22.185
pscores 22.079 0.076 22.155
classify_edges 20.149 0.244 20.394
symmetrize 9.775 0.096 9.873
generate_adjacency 8.035 0.741 7.751
plotROC 8.659 0.005 8.636
build_network_se 7.401 0.073 7.474
toy_counts 6.452 0.000 6.453
infer_networks 6.440 0.001 6.440
* checking for unstated dependencies in ‘tests’ ... OK
* checking tests ...
Running ‘testthat.R’
OK
* checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
* checking package vignettes ... OK
* checking re-building of vignette outputs ... ERROR
Error(s) in re-building vignettes:
--- re-building ‘case_study.Rmd’ using rmarkdown
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:05:00 --:--:-- 0
curl: (28) SSL connection timeout
Quitting from case_study.Rmd:234-265 [stringdb]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `download.file()`:
! 'curl' call had nonzero exit status
---
Backtrace:
▆
1. └─scGraphVerse::stringdb_adjacency(...)
2. └─string_db$map(...)
3. └─STRINGdb (local) get_aliases(takeFirst)
4. └─STRINGdb::downloadAbsentFile(...)
5. └─utils::download.file(urlStr, temp)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Error: processing vignette 'case_study.Rmd' failed with diagnostics:
'curl' call had nonzero exit status
--- failed re-building ‘case_study.Rmd’
--- re-building ‘simulation_study.Rmd’ using rmarkdown
--- finished re-building ‘simulation_study.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘case_study.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
* checking PDF version of manual ... OK
* DONE
Status: 1 ERROR, 2 NOTEs
See
‘/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/meat/scGraphVerse.Rcheck/00check.log’
for details.
scGraphVerse.Rcheck/00install.out
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/bin/R CMD INSTALL scGraphVerse
###
##############################################################################
##############################################################################
* installing to library ‘/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/site-library’
* installing *source* package ‘scGraphVerse’ ...
** this is package ‘scGraphVerse’ version ‘1.0.0’
** using staged installation
** libs
using C compiler: ‘gcc (Ubuntu 13.3.0-6ubuntu2~24.04.1) 13.3.0’
gcc -std=gnu2x -I"/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -Wall -Werror=format-security -c init.c -o init.o
gcc -std=gnu2x -I"/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -Wall -Werror=format-security -c regTree.c -o regTree.o
regTree.c: In function ‘findBestSplit’:
regTree.c:232:15: warning: variable ‘lc’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
232 | int last, lc, nl, nr, npopl, npopr;
| ^~
regTree.c: In function ‘predictRegTree’:
regTree.c:418:19: warning: unused variable ‘cbestsplit’ [-Wunused-variable]
418 | int i, k, m, *cbestsplit, s;
| ^~~~~~~~~~
gcc -std=gnu2x -I"/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -Wall -Werror=format-security -c regrf.c -o regrf.o
regrf.c: In function ‘regRF’:
regrf.c:71:30: warning: unused variable ‘nodexts’ [-Wunused-variable]
71 | int *in, *nind, *nodex, *nodexts;
| ^~~~~~~
regrf.c:71:22: warning: variable ‘nodex’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
71 | int *in, *nind, *nodex, *nodexts;
| ^~~~~
regrf.c:69:10: warning: variable ‘oobpair’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
69 | int *oobpair, varImp, localImp, *varUsed, kk;
| ^~~~~~~
regrf.c:67:61: warning: variable ‘nPerm’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
67 | int k, m, mr, n, nOOB, j, jout, idx, ntest, last, ktmp, nPerm,
| ^~~~~
regrf.c:67:31: warning: unused variable ‘jout’ [-Wunused-variable]
67 | int k, m, mr, n, nOOB, j, jout, idx, ntest, last, ktmp, nPerm,
| ^~~~
regrf.c:67:22: warning: unused variable ‘nOOB’ [-Wunused-variable]
67 | int k, m, mr, n, nOOB, j, jout, idx, ntest, last, ktmp, nPerm,
| ^~~~
regrf.c:67:15: warning: unused variable ‘mr’ [-Wunused-variable]
67 | int k, m, mr, n, nOOB, j, jout, idx, ntest, last, ktmp, nPerm,
| ^~
regrf.c:65:36: warning: unused variable ‘ytree’ [-Wunused-variable]
65 | double *yb, *xtmp, *xb, *ytr, *ytree, *tgini, *meanY, *varY, *ww;
| ^~~~~
regrf.c:65:30: warning: variable ‘ytr’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
65 | double *yb, *xtmp, *xb, *ytr, *ytree, *tgini, *meanY, *varY, *ww;
| ^~~
regrf.c:65:18: warning: variable ‘xtmp’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
65 | double *yb, *xtmp, *xb, *ytr, *ytree, *tgini, *meanY, *varY, *ww;
| ^~~~
regrf.c:63:58: warning: variable ‘resOOB’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
63 | *errb, resid=0.0, *ooberr, ooberrperm, delta, *resOOB;
| ^~~~~~
regrf.c:63:50: warning: unused variable ‘delta’ [-Wunused-variable]
63 | *errb, resid=0.0, *ooberr, ooberrperm, delta, *resOOB;
| ^~~~~
regrf.c:63:38: warning: unused variable ‘ooberrperm’ [-Wunused-variable]
63 | *errb, resid=0.0, *ooberr, ooberrperm, delta, *resOOB;
| ^~~~~~~~~~
regrf.c:63:30: warning: variable ‘ooberr’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
63 | *errb, resid=0.0, *ooberr, ooberrperm, delta, *resOOB;
| ^~~~~~
regrf.c:63:18: warning: unused variable ‘resid’ [-Wunused-variable]
63 | *errb, resid=0.0, *ooberr, ooberrperm, delta, *resOOB;
| ^~~~~
regrf.c:63:12: warning: variable ‘errb’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
63 | *errb, resid=0.0, *ooberr, ooberrperm, delta, *resOOB;
| ^~~~
regrf.c:62:53: warning: unused variable ‘r’ [-Wunused-variable]
62 | double errts = 0.0, averrb, *meanYts, *varYts, r, *xrand,
| ^
regrf.c:62:25: warning: variable ‘averrb’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
62 | double errts = 0.0, averrb, *meanYts, *varYts, r, *xrand,
| ^~~~~~
regrf.c:62:12: warning: unused variable ‘errts’ [-Wunused-variable]
62 | double errts = 0.0, averrb, *meanYts, *varYts, r, *xrand,
| ^~~~~
gcc -std=gnu2x -shared -L/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/lib -L/usr/local/lib -o scGraphVerse.so init.o regTree.o regrf.o -L/home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/lib -lR
installing to /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/site-library/00LOCK-scGraphVerse/00new/scGraphVerse/libs
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
*** copying figures
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (scGraphVerse)
scGraphVerse.Rcheck/tests/testthat.Rout
R version 4.5.2 (2025-10-31) -- "[Not] Part in a Rumble"
Copyright (C) 2025 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> library(testthat)
> library(scGraphVerse)
>
> test_check("scGraphVerse")
[ FAIL 0 | WARN 2227 | SKIP 10 | PASS 492 ]
══ Skipped tests (10) ══════════════════════════════════════════════════════════
• Complex internal function tested via cutoff_adjacency (1):
'test-utilities.R:288:5'
• KEGG requires internet and annotation packages (1):
'test-community-topology.R:228:5'
• Reactome requires internet and annotation packages (1):
'test-community-topology.R:245:5'
• Seurat object creation requires full Seurat setup (1):
'test-network-inference.R:749:5'
• Seurat objects require actual Seurat setup (1): 'test-utilities.R:198:5'
• robinCompare parameter compatibility varies by version (2):
'test-community-topology.R:160:5', 'test-community-topology.R:263:5'
• spinglass can be slow and unstable in tests (1):
'test-community-topology.R:383:5'
• {pcalg} is not installed (2): 'test-network-inference.R:845:5',
'test-network-inference.R:883:5'
[ FAIL 0 | WARN 2227 | SKIP 10 | PASS 492 ]
>
> proc.time()
user system elapsed
212.047 9.747 220.864
scGraphVerse.Rcheck/scGraphVerse-Ex.timings
| name | user | system | elapsed | |
| PCzinb | 0.888 | 0.005 | 0.893 | |
| build_network_se | 7.401 | 0.073 | 7.474 | |
| classify_edges | 20.149 | 0.244 | 20.394 | |
| community_path | 27.543 | 0.505 | 37.509 | |
| community_similarity | 27.731 | 0.181 | 36.170 | |
| compare_consensus | 22.098 | 0.129 | 22.226 | |
| compute_community_metrics | 27.527 | 0.186 | 35.091 | |
| compute_topology_metrics | 26.998 | 0.230 | 35.712 | |
| create_consensus | 22.111 | 0.073 | 22.185 | |
| create_mae | 0.239 | 0.002 | 0.240 | |
| cutoff_adjacency | 22.456 | 0.131 | 22.588 | |
| download_Atlas | 0.081 | 0.004 | 1.346 | |
| earlyj | 0.244 | 0.001 | 0.245 | |
| edge_mining | 27.316 | 0.098 | 34.359 | |
| generate_adjacency | 8.035 | 0.741 | 7.751 | |
| infer_networks | 6.440 | 0.001 | 6.440 | |
| init_py | 0.544 | 0.113 | 0.560 | |
| plotROC | 8.659 | 0.005 | 8.636 | |
| plot_community_comparison | 27.698 | 0.163 | 36.010 | |
| plot_network_comparison | 22.984 | 0.118 | 23.102 | |
| plotg | 23.054 | 0.069 | 23.123 | |
| pscores | 22.079 | 0.076 | 22.155 | |
| selgene | 0.016 | 0.001 | 0.017 | |
| stringdb_adjacency | 49.025 | 1.837 | 76.988 | |
| symmetrize | 9.775 | 0.096 | 9.873 | |
| toy_adj_matrix | 0.006 | 0.000 | 0.006 | |
| toy_counts | 6.452 | 0.000 | 6.453 | |
| zinb_simdata | 0.008 | 0.000 | 0.008 | |