See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-12-06 21:04:20 -0500 (Tue, 06 Dec 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (50066)
2BiocVersion (47138)
3S4Vectors (47095)
4GenomeInfoDb (44949)
5IRanges (44896)
6Biobase (42590)
7zlibbioc (42193)
8XVector (40785)
9Biostrings (37257)
10BiocParallel (36520)
11GenomicRanges (33711)
12DelayedArray (33043)
13MatrixGenerics (32156)
14SummarizedExperiment (32005)
15limma (31620)
16AnnotationDbi (29768)
17KEGGREST (28693)
18annotate (19651)
19genefilter (18447)
20BiocFileCache (18425)
21Rhtslib (17956)
22edgeR (17851)
23Rsamtools (17714)
24biomaRt (17635)
25GenomicAlignments (17612)
26rtracklayer (16274)
27Rhdf5lib (16223)
28graph (16011)
29DESeq2 (15068)
30geneplotter (14714)
31GenomicFeatures (14447)
32rhdf5 (14279)
33ggtree (13447)
34rhdf5filters (13088)
35treeio (12933)
36BiocIO (12932)
37qvalue (12001)
38enrichplot (11466)
39preprocessCore (11453)
40fgsea (11215)
41DelayedMatrixStats (11029)
42clusterProfiler (10927)
43DOSE (10900)
44GOSemSim (10207)
45sparseMatrixStats (10064)
46SingleCellExperiment (9885)
47beachmat (9498)
48ComplexHeatmap (9348)
49HDF5Array (8745)
50multtest (8707)
51RBGL (8551)
52BSgenome (8528)
53GEOquery (8475)
54Rgraphviz (8368)
55BiocSingular (8241)
56ProtGenerics (8215)
57ScaledMatrix (7928)
58AnnotationHub (7773)
59impute (7681)
60ensembldb (7497)
61affyio (7162)
62affy (7041)
63interactiveDisplayBase (6866)
64AnnotationFilter (6796)
65GSEABase (6229)
66BiocNeighbors (6074)
67VariantAnnotation (5985)
68BiocStyle (5937)
69scuttle (5873)
70sva (5175)
71ShortRead (4767)
72ExperimentHub (4519)
73vsn (4286)
74scater (4268)
75KEGGgraph (4084)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (58)
a4Base (76)
a4Classif (57)
a4Core (87)
a4Preproc (93)
a4Reporting (59)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (21)
ABarray (48)
abseqR (47)
ABSSeq (72)
acde (61)
ACE (62)
aCGH (106)
ACME (60)
ADaCGH2 (42)
ADAM (46)
ADAMgui (44)
adaptest (2)
adductomicsR (43)
ADImpute (53)
adSplit (47)
AffiXcan (42)
affxparser (1311)
affy (7041)
affycomp (56)
AffyCompatible (58)
affyContam (49)
affycoretools (319)
affydata (0)
AffyExpress (4)
affyILM (42)
affyio (7162)
affylmGUI (52)
affyPara (6)
affypdnn (2)
affyPLM (1077)
affyQCReport (11)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (47)
AffyTiling (1)
AGDEX (43)
aggregateBioVar (46)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (102)
AgiMicroRna (129)
agimicrorna (0)
AIMS (315)
airpart (40)
ALDEx2 (575)
alevinQC (61)
AllelicImbalance (59)
AlphaBeta (41)
alpine (76)
ALPS (6)
AlpsNMR (54)
alsace (25)
altcdfenvs (49)
AMARETTO (46)
AMOUNTAIN (56)
amplican (59)
ampliQueso (1)
AnalysisPageServer (2)
anamiR (2)
Anaquin (48)
ANCOMBC (550)
AneuFinder (70)
ANF (47)
animalcules (83)
annaffy (201)
AnnBuilder (0)
annmap (42)
annotate (19651)
AnnotationDbi (29768)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6796)
AnnotationForge (2117)
AnnotationFuncs (6)
AnnotationHub (7773)
AnnotationHubData (182)
annotationTools (66)
annotatr (317)
anota (53)
anota2seq (52)
antiProfiles (44)
AnVIL (599)
AnVILBilling (37)
AnVILPublish (39)
APAlyzer (53)
apcluster (0)
apComplex (43)
apcomplex (0)
apeglm (2693)
APL (28)
applera (0)
appreci8R (42)
aroma.light (1516)
ArrayExpress (486)
ArrayExpressHTS (38)
arrayMagic (0)
arrayMvout (40)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (64)
arrayQualityMetrics (401)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (7)
ArrayTV (2)
ARRmNormalization (41)
artMS (61)
ASAFE (41)
ASEB (44)
ASGSCA (45)
ASICS (57)
asmn (0)
ASpediaFI (39)
ASpli (65)
AssessORF (42)
ASSET (59)
ASSIGN (59)
ASURAT (31)
ATACCoGAPS (5)
ATACseqQC (243)
ATACseqTFEA (7)
atena (43)
AtlasRDF (1)
atSNP (48)
attract (43)
AUCell (1236)
autonomics (44)
Autotuner (17)
AWFisher (43)
awst (39)

B

BaalChIP (47)
BAC (44)
bacon (79)
BADER (52)
BadRegionFinder (43)
BAGS (42)
ballgown (484)
bambu (158)
bamsignals (722)
BANDITS (51)
bandle (22)
banocc (37)
barcodetrackR (37)
basecallQC (45)
BaseSpaceR (50)
Basic4Cseq (44)
BASiCS (95)
BASiCStan (7)
BasicSTARRseq (45)
basilisk (1016)
basilisk.utils (981)
batchelor (2399)
BatchQC (100)
BayesKnockdown (35)
BayesPeak (4)
BayesSpace (119)
bayNorm (65)
baySeq (478)
BBCAnalyzer (38)
BCRANK (50)
bcSeq (43)
BDMMAcorrect (44)
beachmat (9498)
beadarray (522)
beadarraySNP (46)
BeadDataPackR (529)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (39)
BEAT (40)
BEclear (63)
beer (24)
benchdamic (38)
BentoBox (0)
betr (1)
bgafun (2)
BgeeCall (44)
BgeeDB (78)
BGmix (38)
bgx (46)
BHC (97)
BicARE (78)
BiFET (43)
BiGGR (41)
BigMatrix (0)
bigmelon (50)
bigmemoryExtras (5)
bigPint (69)
bim (0)
BindingSiteFinder (36)
bioassayR (56)
Biobase (42590)
biobase (0)
biobroom (155)
biobtreeR (43)
bioCancer (54)
BiocBaseUtils (260)
BiocCaseStudies (3)
BiocCheck (1665)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (41)
BiocFHIR (5)
BiocFileCache (18425)
BiocGenerics (50066)
biocGraph (78)
BiocInstaller (513)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (12932)
biocLite (0)
BiocNeighbors (6074)
BiocOncoTK (53)
Bioconductor (0)
BioCor (51)
BiocParallel (36520)
BiocPkgTools (82)
BiocSet (173)
BiocSingular (8241)
BiocSklearn (60)
BiocStyle (5937)
biocthis (126)
BiocVersion (47138)
biocViews (3474)
BiocWorkflowTools (147)
biodb (76)
biodbChebi (34)
biodbExpasy (18)
biodbHmdb (34)
biodbKegg (41)
biodbLipidmaps (29)
biodbMirbase (18)
biodbNcbi (20)
biodbNci (18)
biodbUniprot (34)
bioDist (176)
biomaRt (17635)
BioMedR (1)
biomformat (3863)
BioMM (43)
BioMVCClass (41)
biomvRCNS (41)
BioNAR (5)
BioNERO (71)
BioNet (228)
bionet (0)
BioNetStat (53)
BioPlex (35)
BioQC (95)
BioSeqClass (5)
biosigner (63)
Biostrings (37257)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (2)
BioTIP (43)
biotmle (41)
biovizBase (3949)
BiRewire (73)
birta (3)
birte (1)
biscuiteer (51)
BiSeq (60)
BitSeq (50)
blacksheepr (42)
blima (45)
BLMA (43)
BloodGen3Module (46)
bluster (2802)
bnbc (45)
bnem (36)
BOBaFIT (24)
borealis (18)
BPRMeth (46)
BRAIN (95)
brainflowprobes (39)
brainImageR (1)
BrainSABER (38)
BrainStars (3)
branchpointer (52)
breakpointR (43)
brendaDb (42)
BRGenomics (104)
bridge (37)
BridgeDbR (54)
BrowserViz (96)
BrowserVizDemo (1)
BSgenome (8528)
bsseq (1036)
BubbleTree (45)
BufferedMatrix (47)
BufferedMatrixMethods (41)
bugsigdbr (63)
BUMHMM (35)
bumphunter (1906)
BumpyMatrix (245)
BUS (44)
BUScorrect (39)
BUSpaRse (181)
BUSseq (32)
BuxcoR (0)

C

CAEN (35)
CAFE (40)
CAGEfightR (64)
cageminer (34)
CAGEr (79)
CALIB (2)
calm (38)
CAMERA (381)
CAMTHC (2)
canceR (47)
cancerclass (49)
CancerInSilico (39)
CancerMutationAnalysis (3)
CancerSubtypes (173)
CAnD (35)
caOmicsV (30)
cardelino (6)
Cardinal (97)
CARNIVAL (106)
casper (45)
CATALYST (336)
Category (1745)
categoryCompare (42)
CausalR (45)
cbaf (41)
CBEA (20)
cBioPortalData (209)
cbpManager (39)
ccfindR (76)
ccImpute (3)
ccmap (64)
CCPROMISE (36)
ccrepe (99)
celaref (64)
celda (268)
CellaRepertorium (45)
CellBarcode (33)
cellbaseR (52)
CellBench (83)
cellGrowth (2)
cellHTS (1)
cellHTS2 (101)
CelliD (93)
cellity (43)
CellMapper (43)
cellmigRation (36)
CellMixS (55)
CellNOptR (73)
cellscape (39)
CellScore (36)
CellTrails (44)
cellTree (43)
cellxgenedp (80)
CEMiTool (142)
censcyt (32)
Cepo (56)
ceRNAnetsim (35)
CeTF (54)
CexoR (36)
CFAssay (48)
cfDNAPro (35)
CGEN (52)
CGHbase (253)
CGHcall (225)
cghMCR (47)
CGHnormaliter (50)
CGHregions (48)
ChAMP (543)
CHARGE (1)
charm (2)
ChemmineOB (168)
ChemmineR (467)
chemminer (0)
CHETAH (58)
ChIC (41)
Chicago (68)
chimera (3)
chimeraviz (71)
ChIPanalyser (40)
ChIPComp (45)
chipenrich (90)
ChIPexoQual (42)
ChIPpeakAnno (792)
ChIPQC (280)
ChIPseeker (1420)
chipseq (437)
ChIPseqR (85)
ChIPSeqSpike (3)
ChIPsim (83)
ChIPXpress (39)
chopsticks (68)
chroGPS (2)
chromDraw (39)
ChromHeatMap (48)
ChromoViz (0)
chromPlot (72)
ChromSCape (43)
chromstaR (67)
chromswitch (41)
chromVAR (698)
CHRONOS (49)
cicero (154)
CIMICE (37)
CINdex (49)
cindex (0)
circRNAprofiler (48)
CircSeqAlignTk (4)
cisPath (41)
CiteFuse (78)
ClassifyR (55)
cleanUpdTSeq (42)
cleaver (150)
clippda (40)
clipper (68)
cliProfiler (34)
cliqueMS (61)
Clomial (36)
Clonality (45)
clonotypeR (42)
clst (48)
clstutils (45)
CluMSID (54)
clustComp (41)
clusterExperiment (255)
ClusterJudge (40)
clusterProfiler (10927)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (36)
ClusterSignificance (38)
clusterStab (84)
clustifyr (122)
CMA (111)
cmapR (211)
cn.farms (41)
cn.mops (154)
CNAnorm (42)
cnanorm (0)
CNEr (1221)
CNORdt (44)
CNORfeeder (45)
CNORfuzzy (44)
CNORode (58)
CNPBayes (1)
CNTools (79)
CNVfilteR (46)
CNVgears (39)
cnvGSA (39)
CNViz (35)
CNVMetrics (26)
CNVPanelizer (48)
CNVRanger (67)
CNVrd2 (38)
CNVtools (2)
cnvtools (0)
cobindR (2)
CoCiteStats (35)
COCOA (43)
codelink (47)
CODEX (64)
coexnet (21)
CoGAPS (110)
cogena (76)
cogeqc (24)
Cogito (32)
coGPS (43)
COHCAP (44)
cola (109)
comapr (25)
combi (38)
coMET (58)
coMethDMR (27)
compartmap (44)
COMPASS (55)
compcodeR (62)
compEpiTools (47)
CompGO (7)
ComplexHeatmap (9348)
CompoundDb (73)
ComPrAn (35)
conclus (32)
condcomp (1)
condiments (55)
CONFESS (37)
consensus (36)
ConsensusClusterPlus (2418)
consensusDE (42)
consensusOV (46)
consensusSeekeR (62)
consICA (6)
CONSTANd (39)
contiBAIT (40)
conumee (109)
convert (107)
copa (40)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (314)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (78)
CopywriteR (61)
coRdon (101)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (54)
CoreGx (151)
Cormotif (39)
CorMut (3)
coRNAi (1)
corral (61)
CORREP (44)
coseq (83)
cosmiq (42)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (53)
COSNet (42)
COTAN (29)
CountClust (22)
countsimQC (58)
covEB (39)
CoverageView (57)
covRNA (39)
cpvSNP (42)
cqn (220)
CRImage (59)
crisprBase (37)
crisprBowtie (45)
crisprBwa (19)
crisprDesign (18)
crisprScore (47)
CRISPRseek (91)
crisprseekplus (39)
CrispRVariants (78)
crisprVerse (11)
crisprViz (10)
crlmm (94)
CrossICC (1)
crossmeta (63)
CSAR (86)
csaw (300)
csawBook (4)
csdR (36)
CSSP (41)
CSSQ (34)
ctc (230)
CTDquerier (38)
ctgGEM (30)
cTRAP (45)
ctsGE (43)
CTSV (11)
cummeRbund (214)
cummerbund (0)
customCMPdb (39)
customProDB (60)
CVE (2)
cyanoFilter (36)
cycle (38)
cydar (78)
CytoDx (44)
cytofast (3)
cytofkit (9)
CyTOFpower (28)
CytoGLMM (45)
cytoKernel (34)
cytolib (2071)
cytomapper (130)
cytoMEM (22)
CytoML (934)
CytoTree (68)

D

dada2 (1882)
dagLogo (50)
daMA (42)
DAMEfinder (39)
DaMiRseq (62)
DAPAR (87)
DART (45)
DASC (0)
DASiR (1)
dasper (46)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (8)
dcanr (56)
dce (43)
dcGSA (40)
DChIPRep (2)
ddCt (83)
ddgraph (1)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (36)
dearseq (62)
debCAM (50)
debrowser (120)
DECIPHER (1556)
deco (41)
DEComplexDisease (41)
decompTumor2Sig (65)
DeconRNASeq (149)
decontam (621)
deconvR (38)
decoupleR (183)
DEDS (2)
DeepBlueR (45)
DeepPINCS (38)
deepSNV (77)
DEFormats (181)
DegNorm (41)
DEGraph (44)
DEGreport (418)
DEGseq (173)
DelayedArray (33043)
DelayedDataFrame (46)
DelayedMatrixStats (11029)
DelayedRandomArray (39)
DelayedTensor (35)
deltaCaptureC (33)
deltaGseg (36)
DeMAND (39)
DeMixT (56)
demuxmix (8)
densvis (96)
DEP (366)
DepecheR (364)
DepInfeR (19)
DEqMS (162)
derfinder (392)
derfinderHelper (388)
derfinderPlot (71)
DEScan2 (42)
DESeq (309)
deseq (0)
DESeq2 (15068)
DEsingle (230)
destiny (542)
DEsubs (42)
DEWSeq (44)
DExMA (40)
DEXSeq (853)
dexus (3)
DFP (38)
DIAlignR (45)
DiffBind (929)
diffcoexp (65)
diffcyt (201)
DifferentialRegulation (22)
diffGeneAnalysis (36)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (94)
DiffLogo (54)
diffloop (98)
diffuStats (50)
diffUTR (38)
diggit (46)
Dino (37)
dir.expiry (919)
Director (35)
DirichletMultinomial (1695)
discordant (88)
DiscoRhythm (59)
distinct (81)
dittoSeq (510)
divergence (35)
dks (36)
DMCFB (37)
DMCHMM (38)
DMRcaller (63)
DMRcate (747)
DMRforPairs (39)
DMRScan (35)
dmrseq (112)
DNABarcodeCompatibility (36)
DNABarcodes (104)
DNAcopy (2955)
DNAfusion (5)
DNaseR (0)
DNAshapeR (64)
domainsignatures (1)
DominoEffect (34)
doppelgangR (44)
DOQTL (2)
Doscheda (35)
DOSE (10900)
doseR (38)
doubletrouble (2)
dpeak (39)
drawProteins (113)
DRIMSeq (301)
DriverNet (44)
DropletUtils (1726)
drugTargetInteractions (43)
DrugVsDisease (43)
dSimer (1)
DSS (871)
dStruct (31)
DTA (41)
dualKS (11)
Dune (37)
DupChecker (2)
dupRadar (82)
dyebias (42)
DynDoc (771)
dyndoc (0)

E

easier (43)
EasyCellType (6)
EasyqpcR (4)
easyreporting (37)
easyRNASeq (58)
easyrnaseq (0)
EBarrays (107)
EBcoexpress (51)
EBImage (1974)
EBSEA (38)
EBSeq (314)
EBSeqHMM (55)
ecolitk (39)
EDASeq (1370)
edd (0)
EDDA (3)
edge (96)
edgeR (17851)
edger (0)
eds (13)
eegc (40)
EGAD (55)
EGSEA (154)
eiR (41)
eisa (3)
eisaR (80)
ELBOW (3)
ELMER (211)
EMDomics (51)
EmpiricalBrownsMethod (63)
ENCODExplorer (5)
EnhancedVolcano (2794)
enhancerHomologSearch (36)
EnMCB (37)
ENmix (147)
EnrichedHeatmap (328)
EnrichmentBrowser (240)
enrichplot (11466)
enrichTF (59)
ensembldb (7497)
ensemblVEP (97)
ENVISIONQuery (3)
epialleleR (38)
EpiCluster (0)
EpiCompare (29)
epidecodeR (33)
EpiDISH (172)
epigenomix (40)
epigraHMM (40)
epihet (36)
EpiMix (6)
epimutacions (22)
epiNEM (60)
epistack (35)
epistasisGA (5)
EpiTxDb (44)
epivizr (53)
epivizrChart (38)
epivizrData (54)
epivizrServer (60)
epivizrStandalone (44)
erccdashboard (53)
erma (63)
ERSSA (37)
esATAC (76)
escape (179)
esetVis (62)
eudysbiome (36)
evaluomeR (38)
EventPointer (50)
EWCE (78)
ExCluster (36)
ExiMiR (41)
exomeCopy (190)
exomecopy (0)
exomePeak (6)
exomePeak2 (87)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4519)
ExperimentHubData (151)
ExperimentSubset (42)
explorase (2)
ExploreModelMatrix (85)
ExpressionAtlas (80)
ExpressionView (2)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (22)

F

fabia (109)
facopy (1)
factDesign (40)
factR (8)
FamAgg (61)
famat (36)
farms (55)
fastLiquidAssociation (40)
FastqCleaner (75)
fastreeR (25)
fastseg (561)
fbat (0)
FCBF (68)
fCCAC (41)
fCI (43)
fcoex (53)
fcScan (38)
fdrame (40)
FEAST (65)
fedup (34)
FELLA (94)
FEM (31)
ffpe (59)
fgga (39)
FGNet (62)
fgsea (11215)
FilterFFPE (34)
FindIT2 (36)
FindMyFriends (19)
FISHalyseR (40)
fishpond (302)
FitHiC (48)
flagme (39)
FLAMES (39)
flipflop (1)
flowAI (430)
flowBeads (39)
flowBin (43)
flowcatchR (40)
flowCHIC (40)
flowCL (44)
flowClean (181)
flowClust (1024)
flowCore (2006)
flowCut (61)
flowCyBar (37)
flowDensity (166)
flowFit (3)
flowFlowJo (0)
flowFP (63)
flowGraph (33)
flowMap (40)
flowMatch (41)
flowMeans (99)
flowMerge (50)
flowPeaks (93)
flowPhyto (0)
flowPloidy (42)
flowPlots (42)
flowQ (1)
flowq (0)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (10)
FlowSOM (809)
flowSpecs (44)
flowSpy (3)
flowStats (1024)
flowTime (40)
flowTrans (50)
flowType (3)
flowUtils (122)
flowViz (1201)
flowVS (73)
flowWorkspace (1316)
flowworkspace (0)
fmcsR (165)
fmrs (41)
fobitools (39)
focalCall (2)
FoldGO (41)
FourCSeq (4)
FRASER (96)
frenchFISH (32)
FRGEpistasis (40)
frma (87)
frmaTools (44)
FScanR (36)
FunChIP (38)
FunciSNP (3)
funtooNorm (39)
FuseSOM (6)

G

GA4GHclient (42)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (35)
gaga (51)
gage (888)
gaggle (37)
gaia (88)
GAPGOM (32)
GAprediction (41)
garfield (44)
GARS (39)
GateFinder (41)
gaucho (1)
GBScleanR (30)
gcapc (45)
gcatest (45)
gCMAP (2)
gCMAPWeb (1)
gCrisprTools (44)
gcrma (1285)
GCSConnection (22)
GCSFilesystem (34)
GCSscore (44)
GDCRNATools (273)
GDSArray (73)
gdsfmt (1496)
geecc (2)
GEM (42)
gemini (38)
gemma.R (8)
genArise (42)
genbankr (155)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (33)
GeneAnswers (35)
geneAttribution (38)
GeneBreak (47)
geneClassifiers (36)
GeneExpressionSignature (47)
genefilter (18447)
genefu (315)
GeneGA (38)
GeneGeneInteR (39)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (53)
GeneNetworkBuilder (51)
GeneOverlap (203)
geneplast (58)
geneplotter (14714)
GeneR (0)
geneRecommender (38)
GeneRegionScan (40)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (41)
GeneSelectMMD (43)
GeneSelector (1)
GENESIS (246)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (55)
geNetClassifier (79)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (2)
GeneticsPed (73)
GeneTonic (99)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (42)
GENIE3 (697)
genoCN (40)
GenoGAM (13)
genomation (424)
GenomAutomorphism (6)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (6)
GenomeInfoDb (44949)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (120)
genomeintervals (0)
genomes (44)
GenomicAlignments (17612)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (877)
GenomicDistributions (61)
GenomicFeatures (14447)
GenomicFiles (726)
genomicInstability (33)
GenomicInteractionNodes (21)
GenomicInteractions (163)
GenomicOZone (37)
GenomicRanges (33711)
GenomicScores (340)
GenomicSuperSignature (45)
GenomicTuples (38)
Genominator (1)
genoset (15)
genotypeeval (41)
GenoView (1)
genphen (34)
GenProSeq (19)
GenRank (2)
GenVisR (335)
GeoDiff (52)
GEOexplorer (46)
GEOfastq (40)
GEOmetadb (168)
GeomxTools (166)
GEOquery (8475)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (41)
gep2pep (40)
gespeR (58)
getDEE2 (45)
geva (36)
GEWIST (35)
gff3Plotter (0)
GGBase (5)
ggbio (1603)
ggcyto (1094)
ggmanh (31)
ggmsa (240)
GGPA (42)
ggspavis (54)
GGtools (5)
ggtree (13447)
ggtreeDendro (7)
ggtreeExtra (571)
GIGSEA (37)
girafe (86)
GISPA (41)
GLAD (204)
GladiaTOX (35)
Glimma (1085)
glmGamPoi (1123)
glmSparseNet (79)
GlobalAncova (499)
globalSeq (41)
globaltest (1135)
gmapR (63)
GmicR (46)
gmoviz (38)
GMRP (37)
GNET2 (41)
goCluster (0)
GOexpress (86)
GOfuncR (152)
GOFunction (3)
GoogleGenomics (1)
GOpro (44)
goProfiles (68)
goprofiles (0)
GOSemSim (10207)
gosemsim (0)
goseq (1084)
GOSim (99)
goSorensen (7)
goSTAG (46)
GOstats (1598)
gostats (0)
GOsummaries (57)
GOTHiC (47)
goTools (48)
gotools (0)
GPA (35)
gpart (49)
gpls (80)
gprege (39)
gpuMagic (41)
gQTLBase (5)
gQTLstats (5)
gramm4R (2)
GRaNIE (27)
granulator (76)
graper (38)
graph (16011)
GraphAlignment (44)
GraphAT (38)
graphite (1793)
GraphPAC (39)
GRENITS (39)
GreyListChIP (659)
GRmetrics (70)
groHMM (56)
GRridge (44)
GSALightning (46)
GSAR (98)
GSCA (41)
gscreend (48)
GSEABase (6229)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (51)
GSEAlm (61)
GSEAmining (43)
gsean (42)
GSgalgoR (36)
GSReg (40)
GSRI (40)
GSVA (3785)
gtrellis (99)
GUIDEseq (52)
Guitar (91)
Gviz (2751)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (344)
GWASTools (434)
gwasurvivr (62)
GWENA (75)

H

h5vc (57)
hapFabia (37)
Harman (124)
Harshlight (37)
harshlight (0)
hca (54)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (1)
HDF5Array (8745)
HDTD (42)
heatmaps (190)
Heatplus (315)
HelloRanges (76)
HELP (38)
HEM (41)
hermes (37)
Herper (62)
hexbin (0)
HGC (47)
hiAnnotator (56)
HIBAG (77)
HiCBricks (42)
hicbricks (0)
HiCcompare (117)
HiCDCPlus (60)
HiCDOC (8)
HiContacts (6)
hicrep (6)
hierGWAS (42)
hierinf (33)
HilbertCurve (63)
HilbertVis (132)
HilbertVisGUI (22)
HiLDA (38)
hipathia (57)
HIPPO (40)
hiReadsProcessor (46)
HIREewas (36)
HiTC (101)
hmdbQuery (59)
HMMcopy (182)
hopach (170)
HPAanalyze (71)
hpar (201)
HPAStainR (36)
HPiP (34)
HTqPCR (132)
HTSanalyzeR (4)
HTSeqGenie (25)
htSeqTools (2)
htseqtools (0)
HTSFilter (155)
HubPub (67)
HumanTranscriptomeCompendium (38)
hummingbird (36)
HybridMTest (65)
hypeR (81)
hyperdraw (51)
hypergraph (70)

I

iASeq (36)
iasva (39)
iBBiG (72)
ibh (38)
iBMQ (28)
iCARE (74)
Icens (241)
icetea (39)
iCheck (34)
iChip (37)
iClusterPlus (245)
iCNV (43)
iCOBRA (119)
ideal (74)
ideogram (0)
IdeoViz (57)
idiogram (42)
IdMappingAnalysis (1)
IdMappingRetrieval (1)
idpr (46)
idr2d (44)
iFlow (0)
iGC (39)
IgGeneUsage (33)
igvR (74)
IHW (525)
illuminaio (2158)
ILoReg (40)
imageHTS (43)
IMAS (40)
imcRtools (75)
Imetagene (2)
IMMAN (44)
ImmuneSpaceR (53)
immunoClust (41)
immunotation (34)
IMPCdata (35)
ImpulseDE (2)
ImpulseDE2 (11)
impute (7681)
INDEED (34)
infercnv (645)
infinityFlow (39)
Informeasure (38)
InPAS (43)
INPower (38)
inSilicoDb (1)
inSilicoMerging (1)
insilicomerging (0)
INSPEcT (46)
InTAD (39)
intansv (48)
interacCircos (47)
InteractionSet (976)
InteractiveComplexHeatmap (175)
interactiveDisplay (67)
interactiveDisplayBase (6866)
InterCellar (59)
IntEREst (44)
InterMineR (50)
IntramiRExploreR (41)
inveRsion (30)
inversion (0)
IONiseR (54)
iontree (1)
iPAC (42)
iPath (32)
ipdDb (38)
IPO (107)
IPPD (4)
IRanges (44896)
IRISFGM (40)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (46)
iSEE (234)
iSEEhex (16)
iSEEhub (5)
iSEEu (64)
iSeq (39)
ISLET (5)
iSNetwork (0)
isobar (79)
IsoCorrectoR (47)
IsoCorrectoRGUI (36)
IsoformSwitchAnalyzeR (204)
IsoGeneGUI (31)
ISoLDE (39)
isomiRs (49)
iSPlot (0)
ITALICS (40)
iterativeBMA (44)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (37)
iterClust (42)
iteremoval (25)
IVAS (47)
ivygapSE (36)
IWTomics (35)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (2)
JunctionSeq (6)

K

karyoploteR (592)
katdetectr (9)
KBoost (37)
KCsmart (38)
kebabs (110)
KEGGgraph (4084)
KEGGlincs (44)
keggorth (0)
keggorthology (68)
KEGGprofile (17)
KEGGREST (28693)
KEGGSOAP (0)
kimod (2)
KinSwingR (42)
kissDE (39)
kmknn (0)
KnowSeq (46)

L

LACE (37)
lapmix (36)
LBE (258)
ldblock (46)
LEA (359)
LedPred (35)
lefser (159)
les (41)
levi (32)
lfa (294)
limma (31620)
limmaGUI (50)
LINC (2)
LineagePulse (38)
lineagespot (23)
LinkHD (34)
Linnorm (119)
LinTInd (23)
lionessR (46)
lipidr (91)
LiquidAssociation (40)
lisaClust (50)
lmdme (51)
LMGene (2)
LOBSTAHS (46)
loci2path (36)
logicFS (61)
logitT (38)
Logolas (3)
lol (1)
LOLA (134)
LoomExperiment (277)
LowMACA (34)
LPE (46)
LPEadj (34)
lpNet (35)
lpsymphony (851)
LRBaseDbi (45)
LRcell (36)
lumi (981)
LVSmiRNA (1)
LymphoSeq (58)

M

M3C (822)
M3D (3)
M3Drop (344)
m6Aboost (31)
maanova (51)
Maaslin2 (345)
Macarron (18)
macat (39)
maCorrPlot (38)
MACPET (33)
MACSQuantifyR (33)
MACSr (55)
maDB (0)
madb (0)
made4 (206)
MADSEQ (39)
maftools (2173)
MAGAR (39)
MAGeCKFlute (237)
magrene (5)
MAI (37)
maigesPack (47)
MAIT (58)
makecdfenv (91)
makePlatformDesign (0)
MANOR (38)
manta (1)
MantelCorr (35)
mAPKL (39)
maPredictDSC (40)
mapscape (38)
marr (34)
marray (1421)
martini (43)
maser (86)
maSigPro (223)
maskBAD (37)
MassArray (41)
massarray (0)
massiR (42)
MassSpecWavelet (1199)
MAST (1281)
matchBox (35)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (32156)
MatrixQCvis (45)
MatrixRider (35)
matter (98)
MaxContrastProjection (2)
MBAmethyl (32)
MBASED (44)
MBCB (38)
MBECS (21)
mbkmeans (337)
mbOmic (19)
mBPCR (37)
MBQN (38)
MBttest (34)
mcaGUI (2)
MCbiclust (40)
MCRestimate (1)
mCSEA (51)
mdgsa (7)
mdp (42)
mdqc (42)
MDTS (38)
MEAL (58)
MeasurementError.cor (34)
MEAT (37)
MEB (35)
MEDIPS (93)
MEDME (39)
megadepth (82)
MEIGOR (54)
Melissa (35)
memes (126)
MergeMaid (3)
mergemaid (0)
Mergeomics (48)
MeSHDbi (165)
meshes (109)
meshr (73)
MeSHSim (1)
MesKit (62)
messina (37)
metaArray (2)
metaarray (0)
Metab (43)
metabCombiner (37)
metabinR (4)
MetaboAnnotation (68)
MetaboCoreUtils (123)
metabolomicsWorkbenchR (48)
metabomxtr (41)
MetaboSignal (81)
metaCCA (46)
MetaCyto (48)
metagene (57)
metagene2 (50)
metagenomeFeatures (2)
metagenomeSeq (799)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (37)
metaMS (90)
MetaNeighbor (56)
MetaPhOR (4)
metapod (2685)
metapone (40)
metaR (0)
metaSeq (51)
metaseqR (12)
metaseqR2 (56)
metavizr (36)
MetaVolcanoR (64)
metaX (1)
MetCirc (39)
MethCP (16)
methimpute (45)
methInheritSim (38)
MethPed (37)
MethReg (49)
methrix (58)
MethTargetedNGS (35)
methVisual (2)
methyAnalysis (10)
MethylAid (49)
methylCC (50)
methylclock (81)
methylGSA (89)
methylInheritance (45)
methylKit (429)
MethylMix (101)
methylMnM (36)
methylPipe (49)
methylscaper (33)
MethylSeekR (120)
methylSig (50)
methylumi (1181)
methyvim (2)
MetID (42)
MetNet (49)
mfa (70)
Mfuzz (616)
mfuzz (0)
MGFM (39)
MGFR (43)
mgsa (77)
mia (451)
miaSim (39)
miaViz (117)
MiChip (35)
microbiome (1298)
microbiomeDASim (37)
microbiomeExplorer (54)
microbiomeMarker (157)
MicrobiomeProfiler (51)
MicrobiotaProcess (262)
microRNA (106)
microSTASIS (1)
midasHLA (40)
MIGSA (40)
miloR (118)
mimager (39)
MIMOSA (42)
mina (36)
MineICA (52)
minet (485)
minfi (1664)
MinimumDistance (38)
MiPP (38)
miQC (75)
MIRA (48)
MiRaGE (39)
miRBaseConverter (108)
miRcomp (33)
mirIntegrator (38)
miRLAB (46)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (47)
miRNApath (43)
miRNAtap (100)
miRSM (38)
miRsponge (1)
miRspongeR (49)
Mirsynergy (1)
mirTarRnaSeq (35)
missMethyl (760)
missRows (35)
mistyR (45)
mitch (50)
mitoClone2 (31)
mitoODE (1)
mixOmics (2124)
MLInterfaces (252)
mlm4omics (1)
MLP (61)
MLSeq (117)
MMAPPR2 (27)
MMDiff (1)
MMDiff2 (38)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
MMUPHin (70)
mnem (61)
moanin (48)
MobilityTransformR (19)
MODA (46)
ModCon (30)
Modstrings (95)
MOFA (11)
MOFA2 (258)
MOGAMUN (42)
mogsa (102)
MOMA (48)
monaLisa (59)
monocle (2049)
MoonlightR (47)
MoPS (2)
mosaics (85)
mosbi (37)
MOSim (39)
Motif2Site (22)
motifbreakR (76)
motifcounter (41)
MotifDb (382)
motifmatchr (783)
motifRG (4)
motifStack (467)
MotIV (35)
MouseFM (34)
MPFE (34)
mpra (40)
MPRAnalyze (41)
MQmetrics (31)
mQTL.NMR (1)
msa (981)
MSA2dist (32)
MsBackendMassbank (55)
MsBackendMgf (137)
MsBackendMsp (36)
MsBackendRawFileReader (35)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2150)
MSEADbi (2)
MsExperiment (7)
MsFeatures (922)
msgbsR (39)
MSGFgui (17)
MSGFplus (35)
msImpute (50)
mslp (9)
msmsEDA (141)
msmsTests (135)
MSnbase (2383)
MSnID (125)
MSPrep (45)
msPurity (62)
msQC (0)
msqrob2 (70)
MSstats (308)
MSstatsConvert (257)
MSstatsLiP (30)
MSstatsLOBD (31)
MSstatsPTM (60)
MSstatsQC (42)
MSstatsQCgui (38)
MSstatsSampleSize (36)
MSstatsShiny (5)
MSstatsTMT (143)
MSstatsTMTPTM (8)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (23)
Mulcom (77)
MultiAssayExperiment (2101)
MultiBaC (45)
multiClust (56)
multicrispr (40)
MultiDataSet (608)
multiGSEA (64)
multiHiCcompare (62)
MultiMed (41)
multiMiR (172)
multiOmicsViz (46)
multiscan (34)
multiSight (34)
multtest (8707)
mumosa (52)
MungeSumstats (150)
muscat (172)
muscle (168)
musicatk (51)
MutationalPatterns (300)
MVCClass (40)
mvGST (1)
MWASTools (80)
mygene (266)
myvariant (60)
mzID (2093)
mzR (2268)

N

NADfinder (38)
NanoMethViz (54)
NanoStringDiff (78)
NanoStringNCTools (166)
NanoStringQCPro (71)
nanotatoR (40)
NanoTube (42)
NarrowPeaks (2)
NBAMSeq (35)
NBSplice (38)
ncdfFlow (1351)
ncGTW (36)
NCIgraph (44)
ncRNAtools (38)
ndexr (56)
neaGUI (1)
nearBynding (36)
Nebulosa (463)
NeighborNet (35)
nem (3)
nempi (39)
NetActivity (5)
netbenchmark (2)
netbiov (56)
netboost (33)
netboxr (35)
NetCRG (0)
netDx (43)
nethet (45)
netOmics (37)
NetPathMiner (50)
netprioR (35)
netReg (2)
netresponse (51)
NetSAM (41)
netSmooth (45)
networkBMA (42)
netZooR (31)
NeuCA (34)
NewWave (42)
NGScopy (1)
ngsReports (62)
nnNorm (36)
nnSVG (29)
NOISeq (464)
nondetects (65)
NoRCE (42)
normalize450K (35)
NormalyzerDE (94)
NormqPCR (129)
normr (112)
NPARC (41)
npGSEA (43)
NTW (34)
nucleoSim (39)
nucleR (52)
nucler (0)
nuCpos (35)
nudge (1)
nullranges (45)
NuPoP (42)
NxtIRFcore (37)

O

occugene (33)
OCplus (82)
octad (5)
ODER (32)
odseq (48)
OGRE (21)
OGSA (2)
oligo (1262)
oligoClasses (1369)
OLIN (43)
OLINgui (37)
omada (5)
OmaDB (69)
omicade4 (90)
OmicCircos (180)
omiccircos (0)
omicplotR (42)
omicRexposome (39)
OmicsLonDA (37)
OmicsMarkeR (2)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (40)
omicsPrint (41)
omicsViewer (21)
Omixer (36)
OmnipathR (255)
ompBAM (29)
Onassis (7)
oncomix (38)
oncoscanR (6)
OncoScore (41)
OncoSimulR (51)
oneChannelGUI (2)
oneSENSE (33)
onlineFDR (40)
ontoCAT (1)
ontoProc (95)
ontoTools (0)
openCyto (1017)
openPrimeR (80)
openPrimeRui (46)
OpenStats (41)
OperaMate (1)
oposSOM (59)
oppar (40)
oppti (34)
optimalFlow (33)
OPWeight (35)
OrderedList (76)
ORFhunteR (36)
ORFik (114)
Organism.dplyr (332)
OrganismDbi (2410)
orthogene (131)
OSAT (48)
OSCA (6)
OSCA.advanced (12)
OSCA.basic (14)
OSCA.intro (42)
OSCA.multisample (10)
OSCA.workflows (25)
Oscope (46)
OTUbase (38)
OutlierD (2)
OUTRIDER (130)
OVESEG (32)

P

PAA (47)
packFinder (40)
padma (35)
PADOG (162)
pageRank (40)
PAIRADISE (61)
paircompviz (40)
pairkat (29)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (86)
panelcn.mops (55)
PAnnBuilder (1)
PanomiR (23)
panp (40)
PANR (37)
PanViz (8)
PanVizGenerator (17)
PAPi (2)
pareg (22)
parglms (37)
parody (44)
PAST (37)
Path2PPI (46)
pathifier (100)
PathNet (44)
PathoStat (46)
pathprint (1)
pathRender (41)
pathVar (32)
pathview (3717)
pathwayPCA (77)
PathwaySplice (2)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (84)
Pbase (1)
pbcmc (1)
pcaExplorer (354)
pcaGoPromoter (2)
pcaMethods (3783)
PCAN (47)
PCAtools (860)
pcot2 (6)
PCpheno (2)
pcxn (37)
PDATK (36)
pdInfoBuilder (91)
pdmclass (1)
PeacoQC (73)
peakPantheR (46)
PECA (49)
peco (35)
pengls (31)
PepsNMR (58)
pepStat (39)
pepXMLTab (42)
PERFect (50)
periodicDNA (39)
perturbatr (11)
PFP (33)
PGA (3)
pga (0)
pgca (36)
PGSEA (16)
pgUtils (0)
phantasus (62)
PharmacoGx (136)
phemd (21)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (32)
phenomis (6)
phenopath (75)
phenoTest (65)
PhenStat (44)
philr (159)
PhIPData (41)
phosphonormalizer (32)
PhosR (68)
PhyloProfile (51)
phyloseq (3820)
Pi (65)
piano (297)
pickgene (35)
PICS (81)
Pigengene (64)
PING (40)
pint (3)
pipeComp (41)
pipeFrame (104)
pkgDepTools (48)
planet (74)
planttfhunter (0)
plateCore (1)
plethy (42)
plgem (54)
plier (114)
PloGO2 (50)
plotgardener (111)
plotGrouper (39)
PLPE (38)
plrs (2)
plw (1)
plyranges (656)
pmm (37)
pmp (76)
PoDCall (33)
podkat (45)
pogos (37)
polyester (97)
Polyfit (2)
POMA (55)
POST (2)
PoTRA (33)
PowerExplorer (1)
powerTCR (242)
POWSC (35)
ppcseq (33)
PPInfer (61)
ppiStats (31)
pqsfinder (57)
prada (16)
pram (36)
prebs (38)
preciseTAD (35)
PrecisionTrialDrawer (27)
PREDA (64)
predictionet (13)
preprocessCore (11453)
primirTSS (36)
PrInCE (40)
Prize (2)
proActiv (44)
proBAMr (36)
proBatch (69)
PROcess (76)
procoil (37)
ProCoNA (1)
proDA (122)
proFIA (40)
profileplyr (138)
profileScoreDist (36)
progeny (270)
projectR (53)
pRoloc (196)
pRolocGUI (61)
PROMISE (36)
PROPER (71)
PROPS (38)
Prostar (66)
prostar (0)
prot2D (1)
proteasy (8)
proteinProfiles (35)
ProteoDisco (34)
ProteomicsAnnotationHubData (14)
ProteoMM (50)
proteoQC (2)
protGear (20)
ProtGenerics (8215)
PSEA (39)
psichomics (67)
PSICQUIC (44)
PSMatch (43)
psygenet2r (43)
ptairMS (39)
PubScore (29)
pulsedSilac (27)
puma (86)
PureCN (139)
pvac (39)
pvca (190)
Pviz (45)
PWMEnrich (77)
pwOmics (45)
pwrEWAS (51)
pxr (0)

Q

qckitfastq (53)
qcmetrics (47)
QDNAseq (216)
QFeatures (251)
qmtools (22)
qpcrNorm (42)
qpgraph (101)
qPLEXanalyzer (44)
qrqc (96)
qsea (51)
qsmooth (50)
QSutils (41)
qsvaR (21)
qtbase (0)
Qtlizer (38)
qtpaint (0)
QUALIFIER (1)
quantiseqr (76)
quantro (111)
quantsmooth (446)
QuartPAC (44)
QuasR (274)
QuaternaryProd (56)
QUBIC (82)
qusage (301)
qvalue (12001)

R

R3CPET (39)
r3Cseq (87)
R453Plus1Toolbox (45)
R4RNA (366)
RadioGx (35)
RaggedExperiment (676)
rain (71)
rama (38)
RamiGO (2)
ramigo (0)
ramr (43)
ramwas (59)
RandomWalkRestartMH (71)
randPack (43)
randRotation (35)
RankProd (224)
RAREsim (17)
RareVariantVis (38)
Rariant (2)
rawrr (128)
RbcBook1 (51)
Rbec (38)
RBGL (8551)
RBioinf (49)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (117)
RBM (43)
Rbowtie (334)
Rbowtie2 (201)
rbsurv (50)
Rbwa (33)
Rcade (60)
RCAS (55)
RCASPAR (34)
rcellminer (51)
rCGH (62)
Rchemcpp (1)
RchyOptimyx (3)
RcisTarget (688)
RCM (45)
RConferoMapping (0)
Rcpi (99)
RCSL (36)
Rcwl (39)
RcwlPipelines (34)
RCX (38)
RCy3 (586)
RCyjs (46)
RCytoscape (2)
RDAVIDWebService (26)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (59)
Rdisop (352)
RDRToolbox (70)
ReactomeContentService4R (56)
ReactomeGraph4R (34)
ReactomeGSA (167)
ReactomePA (1512)
readat (2)
ReadqPCR (142)
reb (1)
REBET (35)
rebook (89)
receptLoss (32)
reconsi (35)
recount (321)
recount3 (160)
recountmethylation (41)
recoup (40)
RedeR (182)
RedisParam (6)
REDseq (79)
RefNet (1)
RefPlus (56)
RegEnrich (50)
regioneR (1491)
regioneReloaded (5)
regionReport (92)
regsplice (33)
regutools (39)
REMP (48)
Repitools (576)
ReportingTools (665)
reposTools (0)
RepViz (37)
ReQON (40)
ResidualMatrix (2301)
RESOLVE (5)
Resourcerer (0)
restfulSE (42)
rexposome (57)
rfaRm (37)
Rfastp (88)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (38)
rGADEM (314)
RGalaxy (20)
rGenomeTracks (29)
Rgin (43)
RGMQL (25)
RgnTX (7)
rgoslin (25)
RGraph2js (37)
Rgraphviz (8368)
rGREAT (307)
RGSEA (63)
rgsepd (40)
rhdf5 (14279)
rhdf5client (47)
rhdf5filters (13088)
Rhdf5lib (16223)
Rhisat2 (156)
Rhtslib (17956)
rHVDM (1)
RiboCrypt (32)
RiboDiPA (42)
RiboProfiling (54)
ribor (39)
riboSeq (0)
riboSeqR (50)
ribosomeProfilingQC (52)
rifi (16)
RImmPort (37)
Ringo (588)
Rintact (0)
RIPAT (34)
RIPSeeker (8)
Risa (44)
RITAN (41)
RIVER (35)
RJMCMCNucleosomes (36)
RLassoCox (39)
RLMM (39)
RLSeq (35)
RMAGEML (0)
Rmagpie (39)
RMAPPER (0)
RMassBank (64)
rMAT (1)
rmelting (48)
RmiR (13)
rmir (0)
Rmmquant (37)
rmspc (35)
RNAAgeCalc (56)
RNAdecay (34)
rnaEditr (34)
RNAinteract (40)
RNAither (3)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (41)
RNAmodR.ML (35)
RNAmodR.RiboMethSeq (38)
RNAprobR (2)
RNAsense (35)
rnaseqcomp (47)
RnaSeqGeneEdgeRQL (0)
rnaSeqMap (2)
RNASeqPower (119)
RNASeqR (27)
RnaSeqSampleSize (83)
RnBeads (181)
Rnits (32)
roar (47)
ROC (984)
ROCpAI (32)
RolDE (20)
Roleswitch (2)
Rolexa (0)
rols (266)
roma (0)
ROntoTools (74)
ropls (620)
ROSeq (34)
ROTS (139)
RPA (41)
rprimer (32)
RProtoBufLib (1931)
RpsiXML (39)
rpx (262)
Rqc (167)
rqt (40)
rqubic (53)
rRDP (39)
Rredland (0)
RRHO (69)
rrvgo (235)
Rsamtools (17714)
rsbml (66)
rScudo (38)
rsemmed (32)
RSeqAn (55)
rSFFreader (1)
RSNPper (0)
Rsubread (1797)
RSVSim (44)
rSWeeP (36)
rTANDEM (6)
RTCA (39)
RTCGA (454)
RTCGAToolbox (424)
RTN (103)
RTNduals (47)
RTNsurvival (49)
RTools4TB (0)
RTopper (41)
Rtpca (33)
rtracklayer (16274)
Rtreemix (43)
rTRM (48)
rTRMui (35)
runibic (51)
Ruuid (0)
RUVcorr (45)
RUVnormalize (41)
RUVSeq (704)
RVS (37)
RWebServices (0)
rWikiPathways (237)

S

S4Vectors (47095)
safe (357)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (34)
SAGx (11)
SAIGEgds (50)
samExploreR (2)
sampleClassifier (38)
SamSPECTRAL (100)
sangeranalyseR (115)
sangerseqR (291)
SANTA (39)
sapFinder (2)
saps (1)
sarks (33)
satuRn (52)
savR (50)
SBGNview (65)
sbgr (0)
SBMLR (42)
SC3 (348)
Scale4C (35)
ScaledMatrix (7928)
scAlign (38)
SCAN.UPC (63)
scanMiR (37)
scanMiRApp (32)
scAnnotatR (54)
SCANVIS (45)
SCArray (37)
SCATE (35)
scater (4268)
scatterHatch (26)
scBFA (37)
SCBN (47)
scBubbletree (5)
scCB2 (42)
scClassifR (17)
scClassify (59)
sccomp (25)
scDataviz (55)
scDblFinder (627)
scDD (125)
scDDboost (8)
scde (267)
scds (399)
SCFA (36)
scFeatureFilter (36)
scfind (1)
scGPS (40)
schex (108)
scHOT (54)
scifer (4)
ScISI (12)
scMAGeCK (38)
scmap (311)
scMerge (248)
scMET (7)
scmeth (44)
SCnorm (87)
scone (92)
Sconify (34)
SCOPE (42)
scoreInvHap (35)
scp (52)
scPCA (63)
scPipe (68)
scran (3149)
scReClassify (32)
scRecover (42)
ScreenR (8)
scRepertoire (208)
scruff (49)
scry (81)
scShapes (31)
scsR (1)
scTensor (48)
scTGIF (39)
scTHI (37)
scTreeViz (34)
scuttle (5873)
SDAMS (39)
sechm (69)
segmenter (33)
segmentSeq (80)
selectKSigs (33)
SELEX (39)
SemDist (36)
semisup (34)
SemSim (0)
SEPA (1)
SEPIRA (35)
seq2pathway (42)
seqArchR (24)
SeqArray (662)
seqbias (47)
seqCAT (39)
seqCNA (49)
seqcombo (39)
SeqGate (31)
SeqGSEA (55)
seqLogo (1739)
Seqnames (0)
seqPattern (419)
seqplots (8)
seqsetvis (51)
SeqSQC (43)
seqTools (94)
SeqVarTools (365)
sesame (366)
SEtools (66)
sevenbridges (53)
sevenC (38)
SGSeq (227)
SharedObject (50)
shinyepico (46)
shinyMethyl (70)
shinyTANDEM (2)
ShortRead (4767)
shortread (0)
SIAMCAT (101)
SICtools (31)
sidap (0)
sigaR (3)
SigCheck (40)
sigFeature (119)
SigFuge (36)
siggenes (2119)
sights (43)
signatureSearch (72)
signeR (57)
signet (1)
signifinder (5)
sigPathway (100)
SigsPack (37)
sigsquared (36)
SIM (42)
SIMAT (37)
SimBindProfiles (35)
SimBu (6)
SIMD (34)
SimFFPE (35)
similaRpeak (48)
SIMLR (157)
simpleaffy (99)
simpleSeg (6)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (211)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (2)
sincell (45)
single (18)
SingleCellExperiment (9885)
SingleCellSignalR (118)
singleCellTK (126)
SingleMoleculeFootprinting (36)
SingleR (2303)
SingleRBook (4)
singscore (654)
SISPA (37)
sitadela (35)
sitePath (41)
sizepower (41)
SJava (1)
skewr (36)
slalom (40)
SLGI (15)
slingshot (893)
slinky (17)
SLqPCR (43)
SMAD (34)
SMAP (35)
SMITE (42)
SNAData (0)
SNAGEE (38)
snapCGH (48)
snapcount (47)
snifter (91)
snm (121)
snpAssoc (0)
SNPchip (11)
SNPediaR (37)
SNPhood (37)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1104)
snpStats (1442)
soGGi (196)
sojourner (36)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (123)
SOMNiBUS (33)
SpacePAC (38)
spade (1)
Spaniel (73)
sparrow (64)
sparseDOSSA (37)
sparseMatrixStats (10064)
sparsenetgls (32)
SparseSignatures (46)
spaSim (7)
SpatialCPie (64)
spatialDE (50)
SpatialDecon (99)
SpatialExperiment (546)
SpatialFeatureExperiment (12)
spatialHeatmap (39)
spatzie (34)
specL (44)
SpeCond (76)
Spectra (298)
SpectralTAD (49)
SPEM (55)
SPIA (373)
SPIAT (9)
spicyR (58)
SpidermiR (55)
spikeLI (32)
spiky (38)
spkTools (34)
splatter (316)
splicegear (1)
spliceR (2)
spliceSites (1)
SpliceWiz (10)
SplicingFactory (33)
SplicingGraphs (79)
splineTCDiffExpr (0)
splineTimeR (50)
SPLINTER (36)
splots (108)
SPONGE (58)
SpotClean (13)
SPOTlight (57)
spotSegmentation (1)
spqn (37)
SPsimSeq (63)
SQLDataFrame (38)
SQUADD (31)
sRACIPE (37)
SRAdb (315)
sRAP (1)
SRGnet (2)
srnadiff (39)
sscore (38)
sscu (38)
sSeq (127)
ssize (57)
sSNAPPY (21)
SSPA (62)
ssPATHS (32)
ssrch (39)
ssviz (40)
stageR (137)
stam (0)
STAN (42)
standR (24)
staRank (35)
StarBioTrek (37)
Starr (2)
STATegRa (49)
Statial (4)
statTarget (82)
STdeconvolve (32)
stepNorm (36)
stepwiseCM (1)
stJoincount (4)
strandCheckR (38)
Streamer (44)
STRINGdb (692)
STROMA4 (36)
struct (77)
Structstrings (72)
structToolbox (58)
StructuralVariantAnnotation (117)
SubCellBarCode (40)
subSeq (53)
SUITOR (7)
SummarizedBenchmark (43)
SummarizedExperiment (32005)
Summix (28)
supersigs (40)
supraHex (276)
surfaltr (32)
survcomp (689)
survtype (44)
Sushi (201)
sva (5175)
svaNUMT (30)
SVAPLSseq (1)
svaRetro (30)
SVM2CRM (1)
SWATH2stats (45)
SwathXtend (47)
swfdr (41)
SwimR (4)
switchBox (71)
switchde (42)
synapsis (32)
synapter (27)
synergyfinder (145)
SynExtend (43)
synlet (41)
SynMut (35)
syntenet (18)
systemPipeR (996)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (48)
systemPipeTools (36)

T

TADCompare (49)
tanggle (41)
TAPseq (45)
target (37)
TargetDecoy (36)
TargetScore (42)
TargetSearch (47)
targetsearch (0)
TarSeqQC (37)
TBSignatureProfiler (40)
TCC (251)
TCGAbiolinks (2649)
TCGAbiolinksGUI (93)
TCGAutils (557)
TCseq (104)
TDARACNE (35)
tdaracne (0)
TEKRABber (22)
TENxIO (5)
tenXplore (33)
TEQC (51)
ternarynet (35)
terraTCGAdata (17)
TFARM (32)
TFBSTools (1223)
TFEA.ChIP (52)
TFHAZ (34)
TFutils (41)
tidybulk (103)
tidySingleCellExperiment (82)
tidySummarizedExperiment (104)
tiger (0)
tigre (37)
TileDBArray (39)
tilingArray (61)
timecourse (52)
timeOmics (50)
TimerQuant (0)
timescape (53)
TimeSeriesExperiment (41)
TimiRGeN (40)
TIN (38)
TissueEnrich (79)
TitanCNA (59)
tkWidgets (767)
tLOH (35)
TMixClust (53)
TNBC.CMS (43)
TnT (39)
TOAST (105)
tofsims (19)
tomoda (31)
tomoseqr (19)
ToPASeq (3)
topconfects (95)
topdownr (41)
topGO (2512)
topicmodels (0)
ToxicoGx (34)
TPP (64)
TPP2D (43)
tracktables (85)
trackViewer (230)
tradeSeq (297)
TrajectoryGeometry (27)
TrajectoryUtils (931)
transcriptogramer (45)
transcriptR (45)
transformGamPoi (35)
transite (42)
tRanslatome (38)
transomics2cytoscape (34)
TransView (39)
TraRe (31)
traseR (37)
Travel (24)
traviz (33)
TreeAndLeaf (82)
treeio (12933)
treekoR (37)
TreeSummarizedExperiment (462)
TREG (19)
TReNA (0)
trena (40)
Trendy (45)
TRESS (34)
tricycle (76)
triform (1)
trigger (39)
trio (70)
triplex (40)
tripr (32)
tRNA (78)
tRNAdbImport (44)
tRNAscanImport (53)
TRONCO (68)
TSCAN (286)
tscR (45)
tspair (33)
TSRchitect (14)
TSSi (1)
ttgsea (41)
TTMap (34)
TurboNorm (37)
TVTB (40)
tweeDEseq (80)
twilight (82)
twoddpcr (38)
txcutr (31)
tximeta (921)
tximport (2574)
TxRegInfra (2)
TypeInfo (35)

U

UCell (235)
Ularcirc (39)
UMI4Cats (38)
uncoverappLib (33)
UNDO (41)
unifiedWMWqPCR (39)
UniProt.ws (233)
Uniquorn (37)
universalmotif (302)
updateObject (20)
uSORT (40)

V

VAExprs (34)
VanillaICE (52)
VarCon (35)
variancePartition (388)
VariantAnnotation (5985)
VariantExperiment (41)
VariantFiltering (46)
VariantTools (80)
vasp (1)
VaSP (37)
vbmp (51)
VCFArray (37)
VDJdive (6)
Vega (2)
VegaMC (37)
velociraptor (87)
veloviz (38)
VennDetail (134)
VERSO (32)
vidger (84)
viper (516)
virtualArray (0)
ViSEAGO (119)
vissE (50)
Voyager (7)
VplotR (41)
vsclust (5)
vsn (4286)
vtpnet (38)
vulcan (39)

W

waddR (47)
wateRmelon (664)
wavClusteR (43)
waveTiling (1)
weaver (42)
webbioc (40)
weitrix (35)
widgetInvoke (0)
widgetTools (776)
wiggleplotr (102)
wpm (42)
wppi (37)
Wrench (801)

X

XBSeq (2)
XCIR (10)
xcms (1149)
xcore (21)
XDE (44)
Xeva (41)
XINA (43)
xmapbridge (36)
xmapcore (0)
XNAString (40)
xps (4)
XVector (40785)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (43)
YAPSA (70)
yaqcaffy (3)
yarn (87)

Z

zellkonverter (436)
zenith (6)
zFPKM (87)
zinbwave (548)
zlibbioc (42193)