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title: "sivirep"
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  rmarkdown::html_vignette:
    self_contained: true
    pandoc_args: ["--self-contained"]
pkgdown:
  as_is: true
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{sivirep}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

```{r configuracion, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>",
  include = TRUE,
  error = FALSE,
  warning = FALSE,
  message = FALSE
)
```

```{r configuracion-sivirep, include = FALSE}
library(sivirep)
```

## Descripción

La versión actual de *sivirep* 0.0.2 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.

## Exclusión de responsabilidad

El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros productos derivados de la misma, se realiza bajo la responsabilidad exclusiva del usuario. Ni los autores de la librería, ni la Pontificia Universidad Javeriana, ni la fuente de información asumen responsabilidad alguna por los resultados obtenidos o el uso que se haga de dichos productos.

## Motivación

América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.

Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.

El objetivo de `sivirep` es proporcionar un conjunto de herramientas para:

1) Descargar, preprocesar y preparar los datos de SIVIGILA para su posterior análisis.
2) Generar reportes epidemiológicos automatizados adaptables al contexto.
3) Proporcionar retroalimentación sobre el sistema de vigilancia al proveedor de la fuente de datos.

## Potenciales usuarios

- Profesionales de salud pública y de epidemiología de campo que utilizan la fuente de datos de SIVIGILA a nivel local.
- Estudiantes del área de la salud y epidemiología.
- Investigadores y analistas de datos a nivel nacional e internacional.

## Versiones futuras

Las versiones futuras de `sivirep` podrían incluir:

-   Interacción con otras fuentes de datos en Colombia.
-   Otros sistemas de vigilancia epidemiológica en América Latina.

## Contribuciones

Las contribuciones son bienvenidas via [pull
requests](https://github.com/epiverse-trace/sivirep/pulls).

Los contribuyentes al paquete incluyen:

**Autores**: [Geraldine Gómez-Millán](https://github.com/GeraldineGomez), [Zulma M. Cucunubá](https://github.com/zmcucunuba), Jennifer A. Mendez-Romero y [Claudia Huguett-Aragón](https://github.com/chuguett)

**Contribuyentes**:
[Hugo Gruson](https://github.com/Bisaloo), [Juanita Romero-Garcés](https://github.com/juanitaromerog), [Andrés Moreno](https://github.com/andresmore), [Miguel Gámez](https://github.com/megamezl), [Laura Gómez-Bermeo](https://github.com/lgbermeo), Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon

## Código de conducta

Por favor, ten en cuenta que el proyecto `sivirep` se publica con un
[Código de Conducta para
Contribuyentes](https://contributor-covenant.org/version/2/0/CODE_OF_CONDUCT.html).
Al contribuir a este proyecto, aceptas cumplir con sus términos.

## Instalación

Puedes instalar la versión de desarrollo de `sivirep` desde GitHub con
los siguientes comandos:

```r
install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")
```

## Inicio rápido

Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su
instalación con el siguiente comando:

```{r import-sivirep, eval = FALSE}
library(sivirep)
```

Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga
de forma libre utilizando el comando:

```{r list-events-ms, eval = FALSE}
lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos)
```

`r paste0("<blockquote style=", '"color: #333; cursor:pointer;"', "><details><summary>🦠<b>Listado de enfermedades (haz clic para ver)</b></summary><br>")`

```{r list-events-rs, echo = FALSE}
lista_eventos <- NULL
tryCatch({
  lista_eventos <- list_events()
  knitr::kable(lista_eventos,
             col.names = c("Codigo", "Enfermedad", "Año"),
             row.names = FALSE, align = "l")
}, error = function(e) {
  lista_eventos <- NULL
})
```

`r if (is.null(lista_eventos)) { paste0("<ul><li><a class=", '"external-link"',  " href=", '"https://epiverse-trace.github.io/sivirep/articles/resources.html#enfermedades-y-a%C3%B1os-disponibles-para-su-descarga"', ">Enfermedades</a></li></ul>")}`

`r paste0("</details></blockquote>")`

## Reporte automatizado

Actualmente, `sivirep` proporciona una plantilla de reporte llamada
`Reporte Evento {sivirep}`, la cual recibe los siguientes parámetros de
entrada: el nombre de la enfermedad, el año, el país, el nombre del departamento
(opcional) y el nombre del municipio (opcional) para descargar los datos de
la fuente de SIVIGILA.

Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los
siguientes pasos:

> 🎥 [¿Cómo generar un reporte con sivirep?](https://youtu.be/wsgXQKEeg8I)

El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de `sivirep` es este:

> 🎥 [Reporte sivirep](https://youtu.be/NRUNwVrs4io)

Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se
encuentran en [R Markdown Cookbook](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/install-latex.html).
