### R code from vignette source 'covBM_vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: covBM_vignette.Rnw:119-121
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library(covBM)
head(cd4)


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### code chunk number 2: covBM_vignette.Rnw:128-130
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RS_model<-lme(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid, method="ML")
RS_model


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### code chunk number 3: covBM_vignette.Rnw:135-139
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BM_model<-lmeBM(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid,
                covariance=covBM(form=~t|newpid), method="ML",
                control=list(opt="optim"))
BM_model


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### code chunk number 4: covBM_vignette.Rnw:144-148
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fBM_model<-lmeBM(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid,
                covariance=covFracBM(form=~t|newpid), method="ML",
                control=list(opt="optim"))
fBM_model


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### code chunk number 5: covBM_vignette.Rnw:153-154
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anova(RS_model, BM_model, fBM_model)


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### code chunk number 6: covBM_vignette.Rnw:159-160
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intervals(fBM_model)$corStruct


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### code chunk number 7: covBM_vignette.Rnw:165-170
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IOU_model<-lmeBM(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid,
                covariance=covIOU(form=~t|newpid), method="ML",
                control=list(opt="optim"))
IOU_model
anova(BM_model, IOU_model)


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### code chunk number 8: covBM_vignette.Rnw:178-197
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Model_1<-nlme(protein ~ SSasymp(Time, Asym, R0, lrc), data=Milk, 
				fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1|Cow,
            		start = c(Asym = 3.5, R0 = 4, lrc = -1))

Model_2<-nlme(protein ~ SSasymp(Time, Asym, R0, lrc), data=Milk, 
				fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1|Cow,
				correlation=corCAR1(form=~Time|Cow),
            		start = c(Asym = 3.5, R0 = 4, lrc = 0))

Model_3<-nlmeBM(protein ~ SSasymp(Time, Asym, R0, lrc), data=Milk, 
				fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1|Cow,
				covariance=covFracBM(form=~Time|Cow),
            		start = c(Asym = 3.5, R0 = 4, lrc = -1))
            		
AIC(Model_1)
AIC(Model_2)
AIC(Model_3)

Model_3