ファイルシステムにマウントしているディレクトリや JAR ファイルは、変更はしないがクラスパスに必要であるというような場合は、非表示にすると便利です。
ファイルシステムのノードで右クリックして「プロパティ」を選択し、「非表示」プロパティを「True」に設定します。