### R code from vignette source 'MOB.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### require("party") options(useFancyQuotes = FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: MOB.Rnw:229-230 ################################################### library("party") ################################################### ### code chunk number 3: MOB.Rnw:235-236 ################################################### data("BostonHousing", package = "mlbench") ################################################### ### code chunk number 4: MOB.Rnw:250-252 ################################################### BostonHousing$lstat <- log(BostonHousing$lstat) BostonHousing$rm <- BostonHousing$rm^2 ################################################### ### code chunk number 5: MOB.Rnw:267-269 ################################################### BostonHousing$chas <- factor(BostonHousing$chas, levels = 0:1, labels = c("no", "yes")) BostonHousing$rad <- factor(BostonHousing$rad, ordered = TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: MOB.Rnw:280-282 ################################################### ctrl <- mob_control(alpha = 0.05, bonferroni = TRUE, minsplit = 40, objfun = deviance, verbose = TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: MOB.Rnw:295-297 ################################################### fmBH <- mob(medv ~ lstat + rm | zn + indus + chas + nox + age + dis + rad + tax + crim + b + ptratio, data = BostonHousing, control = ctrl, model = linearModel) ################################################### ### code chunk number 8: MOB.Rnw:306-307 ################################################### fmBH ################################################### ### code chunk number 9: MOB.Rnw:313-314 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(fmBH) ################################################### ### code chunk number 10: BostonHousing-plot ################################################### plot(fmBH) ################################################### ### code chunk number 11: MOB.Rnw:347-348 ################################################### coef(fmBH) ################################################### ### code chunk number 12: MOB.Rnw:354-355 ################################################### summary(fmBH, node = 7) ################################################### ### code chunk number 13: MOB.Rnw:362-363 ################################################### sctest(fmBH, node = 7) ################################################### ### code chunk number 14: MOB.Rnw:369-372 ################################################### mean(residuals(fmBH)^2) logLik(fmBH) AIC(fmBH) ################################################### ### code chunk number 15: MOB.Rnw:375-377 ################################################### nt <- NROW(coef(fmBH)) nk <- NCOL(coef(fmBH)) ################################################### ### code chunk number 16: MOB.Rnw:393-395 ################################################### data("PimaIndiansDiabetes2", package = "mlbench") PimaIndiansDiabetes <- na.omit(PimaIndiansDiabetes2[,-c(4, 5)]) ################################################### ### code chunk number 17: MOB.Rnw:415-417 ################################################### fmPID <- mob(diabetes ~ glucose | pregnant + pressure + mass + pedigree + age, data = PimaIndiansDiabetes, model = glinearModel, family = binomial()) ################################################### ### code chunk number 18: MOB.Rnw:422-423 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(fmPID) ################################################### ### code chunk number 19: PimaIndiansDiabetes-plot ################################################### plot(fmPID) ################################################### ### code chunk number 20: MOB.Rnw:457-459 ################################################### coef(fmPID) exp(coef(fmPID)[,2]) ################################################### ### code chunk number 21: MOB.Rnw:462-463 ################################################### risk <- round(100 * (exp(coef(fmPID)[,2])-1), digits = 1)