See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2024-07-04 05:24:34 -0400 (Thu, 04 Jul 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3395)
2TCGAbiolinksGUI.data (3317)
3celldex (3262)
4HSMMSingleCell (2774)
5airway (1968)
6scRNAseq (1674)
7geneLenDataBase (1603)
8pasilla (964)
9sesameData (860)
10tximportData (821)
11TENxPBMCData (690)
12GSVAdata (672)
13depmap (668)
14ChAMPdata (638)
15bcellViper (604)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

4

4.10.1 (1)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (8)
abc (1)
abind (2)
ace.fma (1)
acepack (3)
ACTIONet (1)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
AdaptGauss (1)
adductData (80)
ade4 (4)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (20)
ADMM (1)
adSplit (1)
AER (1)
afex (1)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (66)
affycoretools (1)
affydata (451)
Affyhgu133A2Expr (44)
Affyhgu133aExpr (78)
Affyhgu133Plus2Expr (63)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (78)
Affymoe4302Expr (50)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (1)
AGHmatrix (1)
AgiMicroRna (0)
agricolae (9)
AICcmodavg (1)
aigoraFitMini (1)
AIMS (0)
AIPW (1)
airr (1)
airway (1968)
akima (1)
alabama (1)
alakazam (1)
ald (0)
ALDEx2 (1)
aldvmm (1)
alembic (1)
AlgDesign (2)
alkahest.generic (0)
ALL (3395)
all (1)
allenpvc (2)
ALLMLL (149)
alluvial (1)
almanac (0)
alphahull (1)
alphashape3d (1)
alphavantager (1)
alpineData (15)
alr4 (1)
altair (1)
amap (1)
AMARETTO (0)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AmpAffyExample (45)
ANCOMBC (1)
AneuFinderData (104)
angrycell (1)
animation (2)
annaffy (1)
anndata (1)
AnnoProbe (1)
annotate (2)
AnnotationDbi (25)
AnnotationFilter (2)
AnnotationForge (2)
AnnotationHub (3)
AnnotationHubData (1)
annotatr (1)
anRichment (1)
anticlust (1)
antiProfilesData (75)
AnVIL (0)
anytime (5)
aod (1)
apcluster (2)
APCtools (1)
ape (39)
apeglm (1)
apex (1)
apexcharter (1)
APL (1)
aplot (50)
appgen (1)
aqp (1)
aracne.networks (52)
archive (2)
ArchR (1)
argparse (12)
argparser (1)
argus.DS.Credentials (2)
argusDS.apc.utils (2)
argusDS.backtesting.engine (2)
argusDS.data (2)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (4)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (1)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (2)
argusDS.FCUtilities (2)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (2)
argusDS.gamlss.modelling (3)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (3)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (3)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (2)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (3)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (2)
argusDS.Studio.utils (2)
argusDS.tabulator (2)
argusDS.trading.optimization (1)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.UI (1)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (4)
aroma.affymetrix (8)
aroma.apd (8)
aroma.core (8)
aroma.light (0)
ArrayExpress (1)
arrayhelpers (1)
arrayop (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (93)
arrow (21)
arsenal (1)
arules (8)
ArvadosR (1)
arvupload (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASExtras4 (0)
ash (6)
AshkenazimSonChr21 (23)
ashr (2)
asht (1)
ASICSdata (45)
AsioHeaders (6)
askpass (182)
asremlPlus (0)
assert (1)
assertive (1)
assertive.base (1)
assertive.code (1)
assertive.data (1)
assertive.data.uk (1)
assertive.data.us (1)
assertive.datetimes (1)
assertive.files (1)
assertive.matrices (1)
assertive.models (1)
assertive.numbers (1)
assertive.properties (11)
assertive.reflection (1)
assertive.sets (1)
assertive.strings (1)
assertive.types (12)
assertr (3)
assertthat (2)
AssessORFData (54)
ASSET (0)
AssotesteR (0)
astsa (1)
ATACseqQC (1)
ATE (1)
ATR (1)
attachment (4)
attempt (1)
AUC (1)
AUCell (1)
audio (1)
audited (1)
av (1)
ava2 (2)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (6)
aws.signature (6)
awsMethods (1)
azcore (1)
Azimuth (1)
AzureAuth (2)
AzureGraph (4)
AzureRMR (4)
AzureStor (1)

B

babelgene (4)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
babynames (1)
backbone (1)
backports (74)
BADER (0)
badger (0)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (0)
ballgown (0)
bambu (1)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base2grob (1)
base64 (3)
base64enc (2)
base64url (1)
basefun (1)
basemaps (1)
BASiCS (1)
basilisk (1)
basilisk.utils (1)
batchelor (1)
BatchJobs (1)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (2)
BayesFM (1)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
bayesplot (12)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
bayestestR (6)
BayesX (1)
baySeq (6)
BB (1)
BBmisc (1)
bbmle (12)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
bcellViper (604)
bcp (1)
bdsmatrix (11)
BE (1)
beachmat (2)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (162)
BeadArrayUseCases (37)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (48)
beanplot (1)
beaver (1)
beepr (1)
beeswarm (1)
bench (1)
benchmarkfdrData2019 (23)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBoxData (0)
berryFunctions (1)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
beta7 (28)
betareg (1)
bettermc (1)
bezier (1)
BgeeDB (1)
BGLR (1)
bgs.hermes (1)
BH (176)
BIApylon (1)
BiasedUrn (14)
BIAutils (1)
bib2df (1)
bibtex (2)
biclust (0)
BIEN (1)
bife (1)
biganalytics (0)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (0)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (1)
biglmm (1)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigparallelr (1)
bigreadr (0)
bigrquery (16)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (8)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (2)
binom (1)
binr (0)
bio3d (4)
biobank (1)
Biobase (10)
BioBase (1)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
BiocBaseUtils (1)
BiocCheck (1)
BiocFileCache (5)
BiocFileCaches (1)
BiocGenerics (29)
BiocInstaller (1)
BiocIO (2)
BiocManager (250)
BiocNeighbors (3)
Bioconductor (1)
BiocParallel (20)
BiocSingular (2)
BiocStyle (1)
BiocVersion (33)
biocViews (1)
BioEnricher (1)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
BioImageDbs (24)
biomaRt (3)
biomartr (2)
biomformat (1)
biomod2 (1)
BioNet (1)
BioPlex (27)
biostat3 (1)
biostatR (1)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (17)
biotmleData (54)
biotools (1)
BioVersion (0)
biovizBase (2)
BiplotML (1)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (90)
bit (61)
bit64 (12)
bitops (14)
bizdays (2)
bkbutils (1)
bladderbatch (571)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blimaTestingData (39)
blme (6)
blob (93)
blockcluster (1)
blockCV (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (0)
BloodCancerMultiOmics2017 (52)
bluster (1)
BMA (1)
BMisc (1)
bmp (1)
bmspal (1)
bnlearn (2)
bodymapRat (112)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (41)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (68)
bootstrap (1)
botor (1)
box (11)
BPCells (1)
bpcp (1)
bRacatus (1)
BradleyTerry2 (1)
brainImageRdata (3)
brave (1)
breakpointRdata (142)
breastCancerMAINZ (103)
breastCancerMKI (0)
breastCancerNKI (96)
breastCancerTRANSBIG (93)
breastCancerUNT (75)
breastCancerUPP (113)
breastCancerVDX (177)
brew (65)
brgedata (79)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (0)
brickster (0)
BridgeDbR (1)
bridgesampling (1)
brio (106)
brms (1)
brmsmargins (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
bronchialIL13 (32)
broom (113)
broom.helpers (8)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (1)
bs4Dash (11)
BSgenome (3)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (3)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.dbSNP151.major (1)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Oaries.ENSEMBL.RambV2 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
BSgenomes (1)
bsicons (3)
bslib (326)
bsplus (1)
bsseq (1)
bsseqData (110)
bsts (1)
btergm (1)
bumphunter (1)
butcher (3)
bvls (1)
BWStest (2)

C

C50 (1)
ca (5)
CAbiNet (1)
cache (1)
cachem (208)
cAIC4 (1)
Cairo (23)
calibrate (1)
callr (171)
callthat (0)
CAM (1)
CAMERA (1)
campsis (1)
campsismod (1)
cancerdata (90)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (38)
carData (3)
CardinalWorkflows (81)
caret (32)
caretEnsemble (1)
carrier (1)
casebase (1)
castor (2)
CATALYST (1)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1)
caTools (6)
CATT (0)
causaldata (1)
cba (1)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (119)
ccdrAlgorithm (1)
ccDSM (1)
CCl4 (74)
ccTutorial (37)
cdip.datastore (1)
celarefData (28)
celda (1)
celldex (3262)
CellMapperData (38)
cellpypes (1)
cellranger (1)
cellxgene.census (1)
cem (1)
censored (1)
censReg (1)
CeTF (1)
ceu1kg (9)
ceu1kgv (8)
ceuhm3 (9)
cfToolsData (63)
cgam (1)
cgdsr (1)
cgdv17 (10)
CGHbase (1)
CGHcall (1)
cghMCR (0)
ChAMP (1)
ChAMPdata (638)
champdata (0)
changepoint (1)
chanmetab (1)
charmData (8)
checkmate (174)
checkr (1)
ChemmineOB (1)
ChemmineR (1)
chemometrics (1)
cheung2010 (8)
ChIC.data (22)
chimera (0)
chimeraviz (1)
ChimpHumanBrainData (25)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (170)
ChIPexoQualExample (54)
ChIPpeakAnno (1)
ChIPQC (1)
ChIPseeker (1)
chipseq (0)
chipseqDBData (37)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (131)
chk (3)
chopsticks (0)
choroplethr (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromote (9)
chromstaRData (110)
chromVAR (2)
chron (4)
cicero (1)
circlesize (0)
circlize (43)
cisPath (0)
CiteFuse (0)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (62)
ClassDiscovery (1)
classInt (41)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
cli (258)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (0)
clipper (0)
clipr (22)
cliqueMS (1)
clisymbols (1)
CLL (221)
CLLmethylation (22)
clock (19)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clubSandwich (1)
clue (50)
CluMSIDdata (50)
cluster (86)
clusterCrit (1)
clusterGeneration (4)
clustermq (4)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (4)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterSim (1)
clusterStab (0)
ClusterTools (1)
clusthaplo (0)
clustifyrdatahub (35)
clustMixType (1)
clustree (2)
clv (1)
clValid (1)
CMA (0)
cMap2data (175)
cmapR (1)
CMAverse (1)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (4)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (0)
cn.mops (1)
CNAnorm (0)
CNEr (2)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (37)
cnvgsadata (0)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (0)
cobs (1)
CoCiteStats (0)
coda (19)
coda.base (1)
codelink (0)
codetools (83)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
cogeqc (1)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (74)
coin (2)
collapse (1)
collections (1)
coloc (19)
colonCA (49)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (11)
colorspace (66)
colortools (1)
colourpicker (9)
colourvalues (1)
cols4all (1)
combinat (1)
coMET (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (176)
compareDF (1)
compareGroups (1)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (14)
complexheatmap (0)
ComplexUpset (1)
compositions (2)
CompQuadForm (1)
compute.es (1)
concaveman (1)
condiments (1)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESSdata (41)
config (27)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (14)
confoundr (1)
connectapi (1)
ConnectivityMap (46)
connectwidgets (1)
conquer (2)
ConsensusClusterPlus (0)
consensusClustR (1)
consort (1)
ConsRank (1)
contentid (2)
contfrac (1)
contingencytables (1)
conumee (1)
convert (0)
coop (1)
CoordinateCleaner (1)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (48)
copula (3)
CopyhelpeR (56)
CopyNeutralIMA (24)
copynumber (1)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (7)
CopywriteR (0)
CoRegNet (1)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
coro (1)
corpcor (3)
corpora (1)
correlation (3)
CORREP (0)
corrplot (3)
corrr (1)
COSG (1)
CoSIAdata (26)
COSMIC.67 (140)
cosmiq (0)
cosmosR (1)
COSNet (0)
countrycode (12)
coveffectsplot (1)
covr (36)
covRNA (0)
cowplot (84)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (2)
cpm (1)
cpp11 (232)
cpvSNP (0)
cqn (1)
cranlogs (1)
crayon (117)
crch (1)
CRCL18 (20)
creatr (1)
credentials (46)
crew (3)
crew.cluster (1)
CRImage (0)
CRISPR.shinyapp (0)
crisprScoreData (169)
crlmm (0)
cronR (1)
crop (1)
crossdes (1)
crossmatch (1)
crosstable (1)
crosstalk (131)
crrri (0)
crrry (0)
crul (36)
csaw (0)
CSSP (0)
csv (1)
ctc (0)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (20)
curatedAdipoChIP (21)
curatedAdipoRNA (22)
curatedBladderData (61)
curatedBreastData (96)
curatedCRCData (34)
curatedMetagenomicData (299)
curatedOvarianData (205)
curatedPCaData (8)
curatedTBData (26)
curatedTCGAData (448)
curl (403)
customProDB (0)
cvar (1)
cvAUC (1)
cvms (1)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cycle (0)
cyclocomp (22)
cydar (1)
cyphr (1)
cytofkit (1)
cytolib (1)
CytoMethIC (8)
CytoML (1)
CytoTRACE (1)
CytoTree (1)

D

D2C (1)
d3heatmap (1)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (0)
dae (0)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (0)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (0)
DAMEfinder (1)
DAPAR (0)
DAPARdata (153)
dapr (1)
DART (0)
DASiR (0)
dasnormalize.iomel (1)
dastools (1)
data.table (257)
data.tree (13)
DatabaseConnector (1)
dataCompareR (1)
DataEditR (0)
DataExplorer (1)
dataframes2xls (1)
dataMaid (1)
datamods (8)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
dataRetrieval (1)
datasauRus (1)
DataVisualizations (1)
datawizard (9)
date (1)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (28)
dbaccess (1)
dbarts (2)
DBChIP (0)
DBI (237)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (195)
dbscan (6)
dbx (8)
dcat (1)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (0)
ddgraph (0)
debugme (1)
DECIPHER (1)
deconfectHelpers (1)
DeconRNASeq (0)
deconstructSigs (1)
decontam (1)
decor (1)
decoupleR (1)
decoupler (1)
DEDS (0)
Deducer (1)
deepregression (1)
deepSNV (0)
deeptime (1)
DEGraph (0)
degreenet (1)
DEGseq (0)
Delaporte (1)
DelayedArray (5)
DelayedMatrixStats (14)
deldir (64)
demuxmix (1)
dendextend (32)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (7)
densityClust (1)
densvis (1)
DEoptim (1)
DEoptimR (28)
DEP (1)
depmap (668)
derfinder (0)
derfinderData (86)
derfinderHelper (0)
Deriv (1)
desc (132)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (18)
DESeq (0)
DESeq2 (5)
designmatch (1)
DEsingle (1)
deSolve (22)
DeSousa2013 (32)
destiny (0)
devEMF (1)
devtools (35)
devutils (1)
DExMAdata (75)
DEXSeq (1)
dexus (0)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (0)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (4)
DiagrammeRsvg (1)
dials (14)
DiceDesign (11)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (7)
did (1)
DiffBind (1)
diffdf (1)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloop (0)
diffloopdata (26)
diffobj (10)
diffviewer (1)
digest (359)
diggit (0)
diggitdata (36)
digitalDLSorteR (1)
dimRed (1)
Dino (1)
diptest (3)
dir.expiry (1)
directlabels (2)
DirichletMultinomial (1)
DiscriMiner (1)
disk.frame (1)
dismo (1)
distances (1)
distill (1)
distory (1)
distr (0)
distr6 (1)
distributional (15)
DistributionUtils (2)
distro (1)
dittodb (1)
dittoSeq (0)
DiurnalMRI (1)
dks (0)
DLBCL (102)
dlm (1)
dlookr (1)
dlstats (0)
dm (1)
DmelSGI (53)
DMRcaller (0)
DMRcate (1)
DMRcatedata (256)
DMRforPairs (0)
DMwR (1)
DNABarcodes (1)
DNAcopy (1)
DNAZooData (42)
dnet (1)
DO.db (1)
doBy (3)
dockerfiler (1)
docopt (6)
DoE.base (1)
DoEstRare (0)
doFuture (1)
domainsignatures (0)
doMC (3)
doMPI (1)
DonaPLLP2013 (33)
donapllp2013 (0)
doParallel (13)
DOQTL (0)
doRedis (1)
doRNG (4)
dorothea (587)
DOSE (3)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (1)
doSNOW (1)
dotCall64 (9)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
downlit (52)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
dplyr (273)
dplyrb (1)
dpplyr (1)
dqrng (55)
drake (9)
drat (1)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
DREAM4 (10)
dreamerr (1)
dressCheck (36)
drgee (1)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (165)
DropletUtils (2)
DRR (1)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (151)
dspNgs (0)
dsQTL (9)
dsr (3)
DSS (0)
DT (224)
DTA (0)
dtplyr (43)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (0)
duckdb (3)
duct.tape (1)
dunn.test (1)
DuoClustering2018 (91)
DupChecker (0)
dupRadar (0)
DvDdata (38)
dwrPlus (1)
dyebias (0)
dyebiasexamples (42)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1)
dynfeature (1)
dynlm (1)
dynplot (1)
dynpred (1)
dynsbm (1)
dynwrap (1)

E

e1071 (61)
earth (2)
easierData (173)
easyalluvial (1)
easyENTIM (1)
EasyqpcR (0)
easystats (3)
EatonEtAlChIPseq (40)
ebal (1)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
Ecdat (1)
ecfc (1)
Ecfun (1)
echarts4r (11)
ecodist (1)
ecoliLeucine (47)
ecolitk (0)
ECOSolveR (1)
ecospat (1)
Ecume (1)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (12)
effects (1)
effectsize (6)
egg (6)
egor (1)
EGSEAdata (152)
eha (1)
eisa (0)
elasticsearchr (1)
ELBOW (0)
elevatr (2)
ellipse (31)
ellipsis (15)
elliptic (1)
ELMER (1)
ELMER.data (216)
emayili (2)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (13)
emdist (1)
EMDomics (0)
emmeans (83)
EMMREML (0)
emstreeR (1)
emtdata (26)
emulator (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODEFig4Band4D (1)
encoDnaseI (6)
encryptr (0)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
enhancedvolcano (0)
EnhancedVolcano (1)
enmSdmX (1)
ENMTools (1)
EnrichedHeatmap (1)
enrichplot (3)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (1)
EnsDb.Hsapiens.v86 (1)
ensembldb (3)
ensemblVEP (0)
entropy (2)
envalysis (1)
ENVISIONQuery (0)
EnvStats (2)
Epi (3)
EpiDISH (1)
epigenomix (0)
EpiMix.data (73)
epimutacionsData (83)
EpiNow2 (3)
epiR (3)
EpiStats (1)
epitools (1)
epuRate (1)
eq5d (1)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (0)
ergm (1)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (0)
errorlocate (1)
escape (0)
eset (1)
ESNSTCC (0)
esquisse (3)
estimability (22)
estimatr (1)
estmeansd (1)
estrogen (87)
etec16s (21)
etm (1)
eudysbiome (0)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (356)
EValue (2)
evd (3)
eventTrack (1)
ewceData (192)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
excelR (1)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
ExomeDepth (1)
ExperimentHub (1)
ExperimentHubData (1)
expint (1)
explorase (0)
explore (1)
ExploreModelMatrix (0)
ExplorOMICS (1)
expm (20)
ExpressionView (0)
expss (6)
extraChIPs (1)
extraDistr (7)
extrafont (3)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraoperators (1)
extraTrees (0)

F

faahKO (305)
fabia (0)
fabiaData (27)
fable (1)
fabletools (3)
facopy.annot (3)
facsDorit (9)
factDesign (0)
factoextra (4)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (29)
Factoshiny (1)
fairhub.metadata (1)
fairhub.r.client (1)
fakepackage (1)
fANCOVA (1)
fansi (263)
FANTOM3and4CAGE (44)
faraway (1)
farms (0)
farver (92)
fastcluster (6)
fastDummies (24)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (11)
fastmap (145)
fastmatch (29)
fastmatrix (1)
fastqcr (1)
fastreeR (1)
fastseg (1)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (2)
fCI (0)
FD (1)
fda (11)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (0)
fdrame (0)
fdrtool (3)
fds (6)
feasts (3)
feather (1)
feature (7)
FedData (0)
feisr (1)
FEM (0)
fenr (1)
fExtremes (4)
ff (19)
ffpe (0)
ffpeExampleData (48)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (4)
FGNet (0)
fgsea (2)
fibroEset (84)
fido (1)
FieldEffectCrc (20)
fields (5)
filehash (0)
filelock (73)
filesstrings (1)
finalfit (1)
FindMyFriends (0)
findpython (12)
finetune (1)
fingerprint (1)
FIs (66)
FISHalyseR (0)
fission (233)
fit.models (1)
fitdistrplus (30)
fixest (1)
flagme (0)
flair (1)
flashClust (1)
Fletcher2013a (78)
Fletcher2013b (63)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (27)
flipflop (0)
float (1)
flock (1)
flowAI (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (1)
flowCore (1)
FlowCore (1)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flower (1)
flowFit (0)
flowFitExampleData (8)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (52)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (3)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (323)
FlowSorted.Blood.EPIC (189)
FlowSorted.CordBlood.450k (45)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (48)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (29)
FlowSorted.DLPFC.450k (133)
flowStats (1)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (167)
flux (1)
fmcsR (0)
FME (1)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (1)
FNN (101)
focalCall (0)
foghorn (1)
fontawesome (120)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (26)
foreach (10)
forecast (8)
foreign (56)
forestmodel (1)
forestplot (1)
forestploter (1)
forge (1)
fork (1)
formatR (62)
formattable (1)
formatters (4)
Formula (16)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
FourCSeq (0)
fourDNData (42)
fpc (20)
fracdiff (4)
FragPipeAnalystR (1)
frailtypack (3)
FRASER (1)
freetypeharfbuzz (1)
fresh (7)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (0)
frictionless (1)
frma (0)
frmaExampleData (53)
frmaTools (0)
fs (226)
FSA (1)
fst (1)
fstcore (1)
fTrading (1)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (8)
fungible (1)
fUnitRoots (1)
funkyheatmap (1)
furrowSeg (25)
furrr (19)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (168)
future.apply (144)
future.batchtools (1)
future.callr (4)
fuzzyjoin (1)
fuzzySim (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (51)
gaga (0)
gage (0)
gageData (293)
gaggle (0)
gaia (0)
gam (10)
GAMBLR.results (1)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (3)
gamlss.add (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (4)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapminder (1)
gargle (78)
gaschYHS (23)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
gatingMLData (11)
gaucho (0)
gausscov (1)
gbm (54)
gbRd (1)
gbutils (1)
gcatest (0)
gclus (1)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (105)
gdata (21)
gDNAinRNAseqData (53)
gDRtestData (54)
gdsfmt (1)
gdsx (1)
gdtools (64)
gee (1)
geeasy (1)
geecc (0)
geepack (6)
geigen (1)
gemini (1)
gemma.R (0)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (2)
genefu (0)
geneLenDataBase (1603)
genelendatabase (1)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneNMF (1)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
GeneralizedHyperbolic (2)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
generics (39)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
genetics (1)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
GENIE3 (0)
genoCN (0)
genomationData (84)
GenomeGraphs (0)
GenomeInfoDb (22)
GenomeInfoDbData (5)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (3)
GenomicDistributionsData (75)
GenomicFeatures (15)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicFiles (1)
GenomicRanges (4)
GenomicTools (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GenSA (2)
geobr (1)
geodata (1)
geodiv (1)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (8)
GEOmetadb (0)
geometries (20)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (0)
GEOquery (1)
geoR (1)
geos (1)
geosphere (13)
GEOsubmission (0)
GeoTcgaData (1)
gert (68)
gespeR (0)
gestalt (7)
gestate (1)
getip (1)
getopt (26)
GetoptLong (4)
getPass (3)
gettz (1)
GeuvadisTranscriptExpr (44)
geuvPack (4)
geuvStore (2)
geuvStore2 (4)
GEWIST (0)
gfonts (1)
ggalluvial (1)
GGally (19)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (0)
ggbeeswarm (15)
ggbio (1)
ggbreak (1)
ggchicklet (1)
ggcorrplot (2)
ggdag (1)
GGdata (11)
ggdendro (16)
ggdensity (1)
ggdist (6)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (2)
ggExtra (5)
ggfittext (2)
ggforce (33)
ggformula (31)
ggfortify (2)
ggfun (60)
gggenes (1)
ggh4x (3)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (6)
ggiraphExtra (1)
gglm (1)
ggm (1)
ggmap (17)
ggmosaic (1)
ggmsa (1)
ggnetwork (1)
ggnewscale (42)
ggnewscales (0)
ggokabeito (1)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (328)
ggplot2movies (1)
ggplotify (34)
ggpmisc (5)
ggPMX (1)
ggpointdensity (6)
ggpp (7)
ggprism (2)
ggpubr (25)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (24)
ggrastr (11)
ggrepel (215)
ggridges (48)
ggsci (60)
ggseqlogo (15)
ggside (5)
ggsignif (11)
ggspatial (1)
ggstance (2)
ggstats (3)
ggstatsplot (2)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (1)
ggtern (24)
ggtext (2)
ggthemes (12)
ggtree (15)
ggtreeDendro (1)
ggtreeExtra (1)
ggtut (7)
ggvenn (2)
ggVennDiagram (2)
ggwordcloud (1)
gh (73)
ghpm (1)
ghql (0)
gifski (1)
GIGSEAdata (18)
Giotto (1)
git2r (21)
gitcreds (21)
gitlabr (1)
gittargets (1)
GLAD (1)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1)
glmGamPoi (1)
glmGamPoiR (1)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (3)
glmnet (25)
glmnetUtils (10)
glmperm (1)
glmx (1)
GlobalAncova (0)
GlobalOptions (1)
globals (57)
globals, (1)
globaltest (0)
glpkAPI (1)
glue (145)
gmailr (1)
gMCP (1)
GMD (0)
Gmisc (1)
gmm (2)
gmnl (1)
gmodels (2)
gmp (17)
gmthemes (1)
gnm (1)
GO.db (3)
godmode (1)
goftest (11)
GOFunction (0)
golem (6)
golubEsets (240)
golubesets (0)
gongs (1)
googleAuthR (3)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (61)
googlesheets (1)
googlesheets4 (69)
googleVis (2)
GOSemSim (2)
goseq (0)
goshawk (1)
GOstats (1)
gower (16)
gpaExample (34)
GPArotation (19)
GPfit (1)
gplots (90)
gprofiler2 (2)
gRain (1)
gralarkivar (1)
granny (1)
graph (1)
GraphGallery (1)
graphiQs (1)
graphite (0)
graphlayouts (51)
graphql (1)
grates (3)
gRbase (1)
greekLetters (1)
Greg (1)
greybox (1)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (2)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (2)
grImport (1)
grImport2 (1)
grndata (40)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GSA (1)
gsbDesign (1)
GSBenchMark (71)
gscounts (1)
gscreend (1)
gsDesign (1)
GSE103322 (38)
GSE13015 (32)
GSE159526 (19)
GSE62944 (65)
GSEABase (2)
GSEAbase (1)
gsignal (1)
gskb (4)
gsl (3)
gsmoothr (6)
gson (6)
gsrc (0)
gss (4)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (1)
GSVAdata (672)
gt (12)
gtable (207)
gtExtras (1)
gto (1)
gtools (63)
gtrellis (1)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (1)
GUniFrac (2)
gupio (1)
Gviz (2)
GWASdata (84)
GWASExactHW (6)
gwasrapidd (1)
GWASTools (0)
GWENA (1)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)

H

h2o (4)
h5vcData (136)
HAC (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
haplo.stats (1)
HaploSim (0)
haplotrackR (1)
hapmap100khind (27)
hapmap100kxba (51)
hapmap500knsp (35)
hapmap500ksty (44)
hapmapsnp5 (126)
hapmapsnp6 (157)
harbChIP (29)
hardhat (53)
HardyWeinberg (1)
HarmanData (43)
HarmonizedTCGAData (28)
harmony (8)
hash (3)
haven (108)
HCAData (76)
HCATonsilData (31)
HD2013SGI (48)
HDCytoData (192)
hdf5 (1)
HDF5Array (12)
hdf5r (9)
hdi (1)
HDInterval (12)
hdnom (1)
HDO.db (1)
hdrcde (6)
healthyControlsPresenceChecker (17)
healthyFlowData (46)
heatmap.plus (1)
heatmaply (19)
HEEBOdata (40)
heemod (1)
HelloRangesData (79)
heplots (1)
here (2)
Herper (0)
hexbin (17)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGNChelper (1)
hgu133a.db (1)
hgu133abarcodevecs (20)
hgu133afrmavecs (2)
hgu133plus2.db (1)
hgu133plus2barcodevecs (19)
hgu133plus2CellScore (35)
hgu133plus2frmavecs (2)
hgu2beta7 (19)
hgu95a.db (0)
hgu95av2.db (1)
HiBED (14)
HiCBricks (0)
HiCDataHumanIMR90 (51)
HiCDataLymphoblast (41)
HiClimR (0)
HiContactsData (103)
hierfstat (0)
highcharter (1)
highlight (0)
HighlyReplicatedRNASeq (20)
highr (97)
highs (1)
Hiiragi2013 (108)
HilbertCurve (1)
HilbertVis (1)
HiTC (1)
HiTME (1)
HIVcDNAvantWout03 (21)
Hmisc (36)
HMMcopy (1)
HMP16SData (39)
HMP2Data (41)
hms (94)
hmyriB36 (9)
hoardr (1)
Homo.sapiens (0)
homosapienDEE2CellScore (4)
Hoover (1)
hopach (0)
HPC.R.Utilities (1)
hrbrthemes (2)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (0)
HSMMSinglece11 (1)
HSMMSinglecel1 (0)
HSMMSingleCell (2774)
htmlTable (29)
htmltools (344)
htmlwidgets (216)
HTqPCR (0)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (8)
httptest2 (1)
httput (1)
httpuv (305)
httr (204)
httr2 (90)
huge (1)
hugene10sttranscriptcluster.db (1)
HumanAffyData (35)
HumanPrimaryCellAtlasData (1)
humanStemCell (140)
hunspell (6)
huxtable (2)
hwriter (3)
hydroPSO (1)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hyperSpec (1)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iatlas.app (1)
iatlasGraphQLClient (1)
iBreakDown (1)
ica (13)
icenReg (1)
Icens (1)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
idorsiaQC (1)
IDPmisc (3)
idr (0)
ids (1)
ifnb.SeuratData (1)
iGasso (0)
igraph (188)
igraphdata (1)
igvShiny (1)
iheatmapr (5)
IHW (1)
IHWpaper (36)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (550)
IlluminaDataTestFiles (92)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (2)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
illuminaio (1)
imager (2)
imbalance (1)
imcdatasets (68)
imcRtools (0)
iml (1)
immunarch (1)
import (3)
ImpulseDE2 (1)
impute (1)
imputeLCMD (1)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
incidence (3)
incidence2 (3)
IncidencePrevalence (1)
ind1KG (7)
iNEXT (1)
infer (16)
infercnv (1)
influenceR (2)
InformationValue (1)
infotheo (2)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (13)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InraeThemes (1)
insight (12)
installr (1)
intamap (1)
intansv (0)
InteractionSet (1)
interactiveDisplayBase (1)
interactomes (1)
intergraph (1)
interp (16)
interval (1)
intervals (5)
inum (3)
invgamma (1)
iontreeData (7)
iotools (1)
ipaddress (1)
ipcwswitch (1)
IPDfromKM (1)
ipred (31)
ips (1)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
IRanges (22)
IRdisplay (1)
IRkernel (0)
irlba (31)
irr (1)
iSEE (1)
ISLR (1)
Iso (1)
isoband (63)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (1)
IsoCorrectoRGUI (1)
isva (6)
ISwR (1)
ITALICSData (56)
iterators (10)
itertools (1)
ITKR (1)
itsadug (1)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
Iyer517 (23)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (3)
janitor (4)
JASPAR2014 (94)
JASPAR2016 (167)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
jcolors (1)
JctSeqData (5)
jctseqdata (0)
JGR (1)
JM (1)
JMbayes (1)
jnjtemplates (1)
job (1)
JohnsonKinaseData (6)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (2)
jpeg (16)
jqr (9)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (278)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)

K

kableExtra (19)
kangar00 (1)
KaryoploteR (0)
karyoploteR (1)
katex (1)
KEGG.db (1)
KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (97)
KEGGdzPathwaysGEO (309)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (11)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (8)
KernelKnn (1)
kernlab (6)
KernSmooth (80)
keyring (6)
KFAS (1)
khroma (1)
kidpack (26)
kinship2 (1)
kit (1)
kknn (1)
klaR (3)
km.ci (2)
kmed (1)
kml (1)
kml3d (1)
KMsurv (1)
knitr (307)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KOdata (100)
kohonen (2)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (8)
kSamples (2)
ktplots (1)
kutils (1)
kyotil (1)

L

L1pack (1)
l2p (1)
labdsv (1)
labeling (164)
labelled (11)
laeken (2)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (3)
lamW (3)
landscapemetrics (1)
languageserver (2)
LaplacesDemon (1)
lares (1)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (198)
latex2exp (1)
lattice (196)
latticeExtra (12)
lava (51)
lavaan (29)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (12)
lbaQcCheck (1)
LBE (1)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (1)
ldap (1)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (1)
leafem (1)
leaflegend (3)
leaflet (8)
leaflet.extras (2)
leaflet.minicharts (0)
leaflet.providers (2)
leafpop (1)
leaps (4)
LearnBayes (1)
learnr (7)
leeBamViews (64)
leiden (36)
leidenAlg (1)
leidenbase (17)
lemon (2)
leukemiasEset (143)
leukemiaseset (1)
lfa (1)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (12)
liana (1)
libcoin (4)
libgeos (1)
LiblineaR (12)
libr (1)
LiebermanAidenHiC2009 (26)
lifecycle (218)
liftOver (1)
liger (1)
lightgbm (1)
limma (52)
limmaGUI (0)
limmia (1)
limSolve (1)
LinMod2 (1)
Linnorm (0)
linprog (1)
lintr (65)
listenv (61)
ListerEtAlBSseq (27)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lm.beta (1)
lme4 (139)
lmerTest (1)
LMI (1)
lmodel2 (1)
lmom (14)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (14)
lobstr (3)
locfit (108)
log4r (4)
logcondens (1)
logger (11)
logging (1)
LogicReg (1)
logistf (12)
logitnorm (1)
logitr (1)
logr (1)
logrrr (1)
logspline (1)
lokern (1)
LOLA (1)
longitudinalData (1)
loo (15)
LoomExperiment (1)
lotri (1)
LowRankQP (1)
lpridge (1)
lpSolve (16)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1)
lqmm (1)
LRcellTypeMarkers (42)
lsa (8)
lsei (2)
lsmeans (1)
lubridate (94)
lumi (1)
lumiBarnes (57)
Luminescence (1)
LungCancerACvsSCCGEO (67)
LungCancerLines (72)
lungExpression (66)
lvec (1)
lwgeom (4)
lydata (154)
lymphoma (1)

M

m03modeldevelopment (1)
M3DExampleData (85)
M3Drop (0)
Maaslin2 (1)
maboost (1)
macrophage (272)
MACSdata (39)
MACSr (1)
maditr (1)
madness (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (2)
MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5 (1)
maftools (1)
magic (2)
magicaxis (1)
magick (16)
magrittr (27)
maic (1)
maicChecks (1)
mailR (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
maketools (11)
MALDIquant (3)
mammaPrintData (33)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKLData (15)
mapplots (1)
mapproj (1)
maps (13)
maptools (21)
maptree (1)
mapview (1)
maqcExpression4plex (50)
MAQCsubset (46)
MAQCsubsetAFX (10)
MAQCsubsetILM (18)
marginaleffects (1)
margins (1)
marinerData (47)
Markdown (0)
markdown (100)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marray (1)
maSigPro (0)
MASS (273)
MassSpecWavelet (1)
MAST (1)
Matching (2)
MatchIt (2)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matrix (365)
Matrix.utils (6)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (3)
MatrixModels (113)
matrixStats (223)
matrixTests (1)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (7)
mbend (1)
MBESS (1)
mboost (3)
mc2d (2)
MCAData (0)
mclogit (1)
mclust (17)
mclustcomp (1)
mcmc (2)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (3)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
mCSEAdata (125)
mcsurvdata (22)
mctq (1)
mda (1)
MEALData (3)
measurements (1)
measures (1)
mediation (1)
MEDIPSData (69)
MEEBOdata (40)
memisc (1)
memoise (18)
MEMSS (1)
memuse (1)
MendelianRandomization (2)
merDeriv (1)
MerfishData (34)
merge (1)
merTools (1)
MeSHDbi (1)
MESS (1)
meta (1)
Metab (0)
metabaser (1)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
metabolomics (1)
MetaboReport (1)
metacore (1)
metadat (1)
metafor (6)
metagenomeSeq (1)
MetaGxBreast (31)
MetaGxOvarian (29)
MetaGxPancreas (26)
metaMA (9)
metaMS (0)
metaMSdata (87)
metap (10)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (1)
MetaScope (23)
metatools (1)
MetaUtility (1)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (61)
methylclock (1)
methylclockData (170)
methylKit (1)
MethylMix (0)
MethylSeqData (21)
methylumi (1)
methyvimData (4)
metR (1)
metrumrg (1)
mets (1)
MetStaT (1)
mev (1)
mFilter (1)
Mfuzz (0)
mfx (1)
mgcv (264)
mgm (1)
mgvc (1)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mia (1)
miaViz (1)
mice (14)
miceadds (1)
microbenchmark (1)
microbiome (1)
MicrobiomeBenchmarkData (35)
microbiomeDataSets (158)
microeco (1)
micromap (1)
microRNAome (26)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
MIGSAdata (10)
miloR (1)
mime (35)
mimosa (1)
minet (1)
minfi (1)
minfiData (465)
minfiDataEPIC (108)
minionSummaryData (51)
miniUI (1)
minpack.lm (4)
minqa (106)
mirai (3)
miRBaseVersions.db (1)
miRcompData (65)
miRNATarget (63)
mirt (15)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (2)
missMethyl (1)
missRanger (1)
misty (1)
mitml (1)
mitoODEdata (7)
mitools (1)
mix (1)
mixOmics (1)
mixsqp (21)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (13)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (1)
MLmetrics (1)
mlmm (1)
mlmm.gwas (0)
mlmRev (1)
mlogit (1)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (2)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (2)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3viz (1)
mlt (1)
mma (1)
MMAPPR2data (36)
MMDiffBamSubset (46)
mmrm (39)
mnormt (17)
MNP (0)
mockery (4)
mockr (1)
modelbased (3)
modeldata (15)
modelenv (1)
ModelMetrics (2)
modelr (44)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltime.ensemble (1)
modeltools (1)
modetest (1)
modEvA (1)
MODIStsp (2)
modules (5)
MOFA (1)
MOFA2 (1)
MOFAdata (169)
moleculaR (1)
moments (2)
Momocs (1)
monaLisa (1)
mondate (1)
mongolite (1)
monkey (1)
monocle (1)
monocle3 (1)
MonoPhy (1)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (31)
mosaicData (1)
mosaicsExample (85)
motifmatchr (2)
mouse4302barcodevecs (20)
mouse4302frmavecs (2)
MouseAgingData (7)
mousecortexref.SeuratData (1)
MouseGastrulationData (155)
MouseThymusAgeing (64)
MPA (1)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (0)
MPV (1)
mratios (1)
mregions (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (0)
msatR (1)
MSBdata (4)
MsCoreUtils (1)
msd16s (42)
msdata (542)
MsFeatures (0)
msigdb (563)
msigdbr (4)
msm (6)
MSMB (69)
MSnbase (1)
msPurityData (50)
msqc1 (21)
MSstats (1)
MSstatsBioData (4)
MSstatsConvert (1)
MSstatsLiP (1)
MSstatsTMT (1)
MSstatsTMTs (0)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (67)
MTseekerData (3)
MUGAExampleData (37)
muhaz (1)
Mulder2012 (9)
muleaData (6)
multcomp (60)
multcompView (24)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (1)
multicool (7)
multicross (1)
multidplyr (0)
multiGSEA (0)
multimode (1)
multinichenetr (0)
multinma (1)
multipanelfigure (2)
multiwayvcov (1)
multiWGCNAdata (15)
multtest (1)
MuMIn (1)
munsell (67)
muscat (1)
muscData (162)
muscle (0)
MutationalPatterns (0)
mutoss (9)
mvabund (1)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvoutData (44)
mvtnorm (130)
mwcsr (1)
mycor (1)
mygene (0)
myphd (0)
mzID (0)
mzR (1)

N

n1qn1 (1)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (6)
name (1)
namer (1)
naniar (4)
nanoarrow (1)
nanonext (3)
nanopipeline (1)
NanoporeRNASeq (53)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (1)
NanoStringNCTools (0)
NanoStringNorm (1)
NanoStringQCPro (1)
nanostringr (1)
nanotime (1)
nanotubes (30)
narray (1)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
ncappc (1)
ncar (1)
ncdf4 (12)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1)
NCIgraphData (24)
ncigraphdata (1)
ncmeta (3)
NCmisc (2)
ncvreg (1)
ndexr (0)
ndjson (0)
Nebulosa (1)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NestLink (25)
NetActivityData (52)
NetBID2 (1)
netDx.examples (1)
netmeta (1)
netrankr (1)
NetSwan (1)
network (3)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
Neve2006 (35)
nFactors (1)
NGScopyData (52)
ngsReports (0)
NHANES (1)
nhanesA (1)
nimble (1)
nipals (1)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (1)
nlme (217)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (31)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (13)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (63)
NNLM (1)
nnls (5)
noctua (1)
NOISeq (1)
nominatimlite (1)
NonCompart (1)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
norm (2)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (1)
NORMT3 (1)
nortest (1)
notame (1)
Nozzle.R1 (1)
npde (1)
nphRCT (1)
npsurv (2)
nullrangesData (179)
numbat (8)
numbers (1)
numDeriv (2)
NxtIRFdata (95)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
ObMiTi (19)
oce (1)
oct4 (38)
octad.db (56)
od (1)
odbc (25)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (27)
oligo (1)
oligoClasses (1)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
OmicCircos (0)
omicsbase (0)
OMICsPCAdata (81)
omnibus (1)
OmnipathR (1)
ompr (1)
ompr.roi (1)
OnassisJavaLibs (34)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oneChannelGUI (0)
ontologyIndex (21)
ontologyPlot (1)
ontoProc (1)
oompaBase (5)
oompaData (4)
opdisDownsampling (1)
openCyto (1)
openeo (1)
OpenMx (1)
openssl (367)
openxlsx (26)
openxlsx2 (1)
operator.tools (1)
optextras (1)
optimalFlowData (71)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (15)
optmatch (2)
optparse (41)
optpart (1)
optweight (1)
orca (1)
OrderedList (1)
ordinal (3)
ore (1)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Dm.eg.db (0)
org.Dr.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (4)
org.Hs.eg.dB (1)
org.Mm.eg.db (2)
org.Pf.plasmo.db (1)
org.Psativumv2.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (0)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (0)
OrganismDbi (1)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (1)
orthopolynom (1)
orthosData (64)
oskeyring (1)
osmdata (15)
osprey (1)
osqp (3)
outliers (1)
OUTRIDER (1)
overlapping (1)

P

PAA (0)
packcircles (1)
packer (1)
packrat (40)
pacman (1)
padr (1)
pagedown (2)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (1)
PairedData (1)
pak (3)
paletteer (7)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (2)
pammtools (1)
pamr (1)
pan (1)
pander (4)
pandoc (1)
panelr (1)
paquet (1)
paradox (1)
parallelly (147)
parallelMap (1)
param6 (1)
parameters (8)
ParamHelpers (0)
parathyroid (5)
parathyroidSE (314)
parathyroidse (1)
parcats (1)
parsedate (4)
parsnip (16)
partitions (1)
party (20)
partykit (3)
pasilla (964)
pasillaBamSubset (323)
PasillaTranscriptExpr (50)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (79)
pathfindR (1)
pathfindR.data (1)
pathifier (0)
PathNetData (41)
pathprintGEOData (3)
pathview (1)
patientProfilesVis (1)
patrick (1)
paws (20)
paws.analytics (20)
paws.application.integration (20)
paws.common (76)
paws.compute (32)
paws.cost.management (20)
paws.customer.engagement (20)
paws.database (20)
paws.developer.tools (15)
paws.end.user.computing (15)
paws.machine.learning (20)
paws.management (20)
paws.networking (20)
paws.security.identity (20)
paws.storage (73)
pbapply (56)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (46)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (0)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (9)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (8)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (8)
pcalg (1)
pcaMethods (1)
pcaPP (18)
PCAtools (2)
PCDimension (1)
pch (1)
PCHiCdata (56)
PCICt (1)
pcse (1)
pcxnData (60)
pd.atdschip.tiling (32)
pdfCluster (1)
pdftools (9)
pdInfoBuilder (1)
pdist (1)
pdp (1)
PeacoQC (1)
pec (1)
pedigree (0)
pedigreemm (1)
pedtools (1)
pegas (1)
pegboard (0)
PEIP (1)
PEMM (1)
penalized (1)
pepDat (42)
PepsNMRData (46)
Peptides (1)
performance (8)
PerformanceAnalytics (1)
periscope (1)
perm (8)
permimp (1)
permute (3)
PFAM.db (1)
PFIM (1)
pgirmess (1)
PGPC (4)
PGSEA (0)
phangorn (3)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (2)
pheatmap (1)
philentropy (2)
phonTools (1)
phosphoricons (6)
PhosR (0)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (0)
phylogram (0)
phylolm (1)
PhyloProfileData (21)
phyloseq (1)
phylosignal (1)
phylotools (0)
phyr (1)
phytools (5)
picante (1)
piggyback (1)
pillar (115)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
pingr (12)
pins (29)
pipebind (1)
pipeR (1)
piton (1)
pixmap (8)
PK (1)
pkbrtest (1)
pkgbuild (122)
pkgcache (10)
pkgconfig (3)
pkgdepends (11)
pkgdown (51)
pkgKitten (1)
pkglite (1)
pkgload (257)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (1)
plantecophys (1)
plasFIA (6)
plier (0)
plm (1)
PLNmodels (1)
plogr (1)
plot3D (3)
plotfunctions (1)
plotgardener (0)
plotgardenerData (89)
plotly (163)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (13)
plotROC (1)
pls (3)
plumber (18)
plyr (168)
plyranges (1)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (2)
pmforest (1)
pmml (1)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (56)
poeticST (1)
poibin (1)
poilog (1)
pointblank (1)
PoissonBinomial (1)
polars (1)
poLCA (1)
polspline (3)
Polychrome (0)
polyclip (95)
polycor (1)
polyCub (3)
polyester (0)
polynom (4)
PolynomF (1)
polysat (0)
pool (8)
poolfstat (1)
poorman (2)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
posterior (12)
PowerExplorer (1)
poweRlaw (9)
powerTCR (1)
PowerTOST (1)
powsimR (1)
ppcor (1)
ppiData (11)
prabclus (2)
pracma (31)
prada (1)
praise (1)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebsdata (56)
PreciseSums (1)
preciseTADhub (19)
precommit (1)
PREDAsampledata (60)
prediction (1)
predint (1)
PReMiuM (0)
preproc.iquizoo (1)
preprocessCore (2)
preprocessorCore (1)
presser (1)
presto (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (178)
primeviewcdf (1)
primeviewprobe (1)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (3)
PRISMselector (1)
pROC (54)
processCore (0)
processx (265)
procs (1)
ProData (27)
prodlim (46)
productplots (1)
proffer (1)
profile (0)
profileModel (1)
profmem (1)
profvis (30)
progeny (1)
ProgMan (1)
progress (103)
progressr (59)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (20)
ProjecTILs (1)
projpred (1)
pRolocdata (238)
promise (1)
promises (197)
prompt (1)
prompter (1)
properties (1)
propr (1)
PROreg (1)
ProSpect (1)
prostateCancerCamcap (26)
prostateCancerGrasso (26)
prostateCancerStockholm (19)
prostateCancerTaylor (22)
prostateCancerVarambally (20)
proteomixr (1)
ProtGenerics (1)
proto (1)
protoarrayr (1)
protolite (1)
protr (12)
protti (1)
protViz (1)
proxy (2)
proxyC (2)
PRROC (6)
pryr (13)
ps (246)
PSCBS (7)
pscl (3)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (1)
psych (84)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
ptairData (56)
PtH2O2lipids (45)
ptw (1)
Publish (1)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pumadata (53)
PupillometryR (1)
PureCN (0)
purrr (169)
purrrlyr (1)
purrrr (1)
pvca (1)
pvclust (1)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (41)
PWMEnrich.Hsapiens.background (44)
PWMEnrich.Mmusculus.background (37)
pwr (1)
pwrEWAS.data (23)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (12)
qbaDatabase (1)
qcc (1)
qclMatrix (1)
qcNvs (0)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (1)
QDNAseq.hg19 (141)
QDNAseq.mm10 (72)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (17)
qpcR (0)
qpdf (3)
qPLEXdata (44)
qqconf (9)
qqman (3)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qs (11)
QSARdata (1)
qtl (1)
qtl2 (1)
quadprog (2)
qualpalr (1)
quantable (1)
quanteda (1)
quantmod (14)
QuantPsyc (1)
quantreg (79)
quantsmooth (1)
quarto (9)
QUBICdata (41)
questionr (2)
QuickJSR (4)
qvalue (1)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
R.cache (2)
R.devices (8)
R.filesets (8)
R.huge (6)
R.methodsS3 (15)
R.oo (58)
R.rsp (1)
R.utils (120)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (2)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R6 (34)
rAccess (1)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (1)
raerdata (34)
ragg (175)
rainbow (10)
rAmCharts (1)
RamiGO (0)
randomcoloR (6)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (3)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
randtests (1)
randtoolbox (1)
rangeModelMetadata (1)
ranger (14)
RankAggreg (1)
RankProd (0)
RANN (1)
rapiclient (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (8)
rappdirs (9)
rapportools (2)
rARPACK (6)
raster (35)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (12)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (1)
rbibutils (47)
rbioapi (4)
rBLAST (1)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rcapture (1)
rcartocolor (1)
rcdk (12)
rcdklibs (12)
rcellminerData (78)
Rcgmin (1)
Rchoice (1)
RCircos (0)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (78)
RClickhouse (1)
rclipboard (5)
rcmdcheck (17)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (2)
RColorBrewer (19)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpp (305)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (56)
RcppArmadillo (246)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (0)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (163)
RcppEnsmallen (1)
RcppGSL (4)
RcppHNSW (39)
RcppInt64 (1)
RcppML (6)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (19)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSimdJson (2)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (3)
RcppTOML (29)
RcppZiggurat (6)
Rcsdp (1)
RCurl (188)
RCy3 (1)
Rd2roxygen (0)
RDAVIDWebService (0)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
Rdimtools (1)
rdocx (1)
Rdpack (48)
rdrop2 (1)
Rdsdp (1)
reactable (3)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeGSA (0)
ReactomeGSA.data (74)
ReactomePA (1)
reactR (15)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
readr (116)
readstata13 (1)
readxl (96)
rearrr (1)
REBayes (1)
recipes (61)
reclin (1)
recommenderlab (7)
recosystem (7)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (1)
redison (1)
redland (1)
redoc (1)
redux (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
refund (1)
reghelper (1)
registry (2)
RegParallel (75)
regress (1)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (9)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (6)
rematch (90)
rematch2 (2)
remotes (115)
renderthis (1)
rentrez (2)
renv (165)
Repitools (1)
report (1)
reporter (1)
reporting (1)
ReportingTools (1)
repr (5)
reprex (55)
repurrrsive (1)
reReg (1)
reshape (4)
reshape2 (9)
ResidualMatrix (1)
ResourceSelection (1)
restfulr (17)
restfulSEData (64)
RestRserve (6)
reticulate (77)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (21)
Rfast (17)
Rfast2 (2)
rfcdmin (3)
Rfit (1)
RFOC (8)
RforProteomics (137)
rgbif (1)
RGCCA (0)
rgdal (20)
rgenoud (1)
rgeos (27)
rgexf (1)
rgl (4)
Rglpk (2)
rglwidget (1)
RGMQLlib (51)
rgnparser (1)
RgoogleMaps (7)
rgr (1)
Rgraphviz (1)
rGREAT (1)
rhandsontable (3)
rhdf5 (3)
rhdf5filters (2)
Rhdf5lib (3)
rheumaticConditionWOLLBOLD (27)
rhino (10)
RhpcBLASctl (7)
Rhtslib (2)
rhub (3)
rice (1)
RICGA.clinical (1)
RIdeogram (0)
ridigbio (2)
riem (1)
Ringo (1)
rintrojs (7)
rio (12)
RIPSeeker (1)
RIPSeekerData (12)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITANdata (63)
ritis (1)
RItools (1)
riverplot (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (64)
RJDBC (1)
rjson (14)
rjsoncons (1)
RJSONIO (26)
Rlab (0)
Rlabkey (1)
rlang (400)
rlaR (1)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLHub (23)
rliger (1)
rlist (1)
rlistings (1)
RLRsim (1)
rly (0)
Rmagic (1)
rmapshaper (1)
RMariaDB (12)
rmarkdown (320)
RMassBankData (54)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmeta (1)
rminer (1)
rmint.sdtm (1)
rmio (1)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmixmod (1)
Rmpfr (15)
Rmpi (1)
rms (3)
rmsb (1)
rmspc (1)
RMTstat (1)
rmutil (0)
rMVP (1)
RMySQL (5)
RNAi (1)
RNAinteractMAPK (29)
RNAmodR.Data (72)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (2)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (319)
RNASeqDataSubset (2)
RNASeqPower (0)
RNASeqRData (5)
RnaSeqSampleSizeData (103)
RnaSeqTutorial (10)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (186)
RnBeads.hg38 (108)
RnBeads.mm10 (75)
rnbeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (87)
RnBeads.rn5 (29)
rncl (1)
RNetCDF (3)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
rnoaa (1)
RNOmni (1)
roak (1)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (16)
robustbase (30)
robustlmm (1)
RobustRankAggreg (0)
ROC (1)
ROCit (1)
ROCR (2)
RODBC (3)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
roll (1)
rols (0)
Rook (1)
rootSolve (14)
ropls (1)
roptim (0)
ROracle (1)
ROSE (1)
rosettR (1)
rosm (1)
rotl (2)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (112)
rpact (1)
rpart (76)
rpart.plot (2)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (8)
RPostgres (35)
RPostgreSQL (3)
RPresto (1)
rprintf (1)
rprojroot (168)
rpromis (1)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (1)
rpsftm (1)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
Rqc (1)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
RRBSdata (32)
rrcov (19)
rrcovNA (1)
rRDPData (43)
rredlist (1)
RRPP (1)
rrsq (1)
rsample (28)
Rsamtools (4)
rsatscan (1)
rsbml (0)
RSclient (1)
rsconnect (58)
RSEIS (8)
RSelenium (2)
Rserve (6)
RSiena (1)
rslurm (1)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
rsparse (1)
RSpectra (14)
Rspectra (1)
rspm (1)
RSQLite (195)
RsSimulx (0)
RsSimulx.1 (0)
rstan (16)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (13)
rstatix (23)
rstpm2 (1)
rstudioapi (178)
Rsubread (1)
rsvd (10)
rsvg (3)
RSVSim (1)
Rsymphony (1)
rtables (4)
RTCGA.clinical (287)
RTCGA.CNV (63)
RTCGA.methylation (59)
RTCGA.miRNASeq (115)
RTCGA.mRNA (180)
RTCGA.mutations (85)
RTCGA.PANCAN12 (120)
RTCGA.rnaseq (132)
RTCGA.RPPA (57)
RTCGAToolbox (0)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (1)
rtracklayer (2)
Rtsne (35)
Rttf2pt1 (3)
rtweet (7)
Ruchardet (0)
rugarch (2)
RUnit (10)
runjags (1)
runner (3)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
ruv (1)
RUVnormalizeData (68)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (3)
RVenn (0)
rversions (34)
rvertnet (1)
rvest (102)
rvg (1)
Rvmmin (1)
RVtests (0)
Rwave (7)
RWiener (1)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (57)
S4Arrays (2)
S4Vectors (12)
S4vectors (1)
saemix (1)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
SAGx (1)
SAIGEgds (1)
sampleClassifierData (39)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (6)
sandwich (11)
santoku (1)
sas7bdat (1)
sasLM (1)
SASmixed (1)
sass (285)
sassy (1)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (2)
SBGNview.data (186)
SC3 (1)
scaeData (8)
scagnostics (1)
ScaledMatrix (2)
scales (135)
scalreg (1)
scam (1)
scanMiR (1)
scanMiRData (64)
scATAC.Explorer (22)
SCATE (0)
SCATEData (74)
scater (1)
scatterD3 (1)
scattermore (32)
scatterpie (30)
scatterplot3d (24)
scClassify (0)
scclusteval (1)
sccore (1)
sccs (0)
scCustomize (2)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
ScDblFinder (1)
scDblFinder (2)
scDC (0)
sceptre (1)
scGate (1)
schoolmath (1)
scHOT (0)
scico (1)
scidb (1)
Scillus (1)
scistreer (8)
scITD (1)
scJonas (1)
SCLCBam (35)
scLinear (0)
scMerge (1)
scMultiome (57)
scoringRules (1)
SCP (1)
scpdata (63)
scPipe (0)
scran (2)
scRepertoire (1)
scrime (6)
scRNAseq (1674)
scRNASeq.spatial (0)
scrypt (4)
scs (1)
scTHI.data (40)
SCtools (1)
sctransform (31)
sctrnasform (1)
scuttle (12)
scviewer (1)
sda (1)
sdmpredictors (1)
SDMTools (1)
sdpR (1)
sdtmchecks (1)
secretbase (1)
secrets (1)
see (3)
segmented (23)
selectr (1)
semEff (1)
semTools (1)
sen2r (1)
sendmailR (2)
sensitivity (1)
sensobol (1)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (125)
SeqArray (1)
seqArray (1)
seqc (30)
seqCNA.annot (50)
seqinr (13)
seqLogo (1)
seqmagick (3)
seqminer (13)
sequenza (1)
SeqVarTools (0)
seriation (30)
SeruatObject (1)
serumStimulation (21)
servr (6)
sesame (1)
sesameData (860)
sessioninfo (17)
set6 (1)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
Seurat (65)
seurat (1)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (49)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
seventyGeneData (33)
sf (52)
SFEData (101)
sfheaders (20)
sfsmisc (4)
sftime (1)
sgeostat (1)
SGP (1)
shadowtext (25)
shape (49)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (270)
shiny.blueprint (2)
shiny.fluent (1)
shiny.react (3)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (2)
shinyalert (9)
shinyauth (1)
shinyauthr (1)
shinyBS (10)
shinybusy (14)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (4)
shinydashboardPlus (12)
shinydisconnect (1)
shinyEffects (1)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (13)
shinyglide (1)
shinyhelper (6)
ShinyItemAnalysis (15)
shinyjqui (1)
shinyjs (7)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (3)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (0)
shinyMethylData (58)
shinyMobile (1)
shinypanel (7)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinytest (1)
shinytest2 (12)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (3)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (54)
shinyWidgets (104)
ShortRead (1)
showimage (1)
showtext (3)
showtextdb (1)
SIAMCAT (1)
SID (1)
sigaR (0)
sigclust (1)
Sigfried (1)
siggenes (1)
Signac (12)
signac (1)
signal (1)
signatureSearchData (196)
sigPathway (0)
silver3 (1)
SimBenchData (25)
SimComp (1)
SimDesign (1)
simex (1)
SimInf (1)
simpar (1)
simpIntLists (89)
simpleaffy (0)
simplermarkdown (1)
simplifyEnrichment (1)
simputation (1)
simr (1)
simresults (1)
simsurv (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (25)
SingleCellExperiment (12)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellMultiModal (91)
singleCellTK (0)
SingleMoleculeFootprintingData (43)
SingleR (1)
singscore (1)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
sitmo (14)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (12)
SkewHyperbolic (2)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (0)
slam (3)
slickR (0)
slider (22)
slingshot (1)
sloop (1)
slopeR (1)
sm (1)
smacof (1)
SmartEDA (1)
smcfcs (1)
sme (1)
smfishHmrf (1)
smldesign (1)
smokingMouse (34)
smooth (1)
smoother (1)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (9)
sn (13)
sna (2)
SNAData (26)
SNAGEEdata (60)
snakecase (23)
SnapATAC (1)
snapcount (1)
snow (18)
SnowballC (4)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPhoodData (40)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
sodium (12)
softImpute (1)
soilDB (1)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCAData (22)
SomaticCancerAlterations (77)
SomaticSignatures (1)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
sortable (6)
sos (0)
SoupX (1)
sourcetools (57)
sp (114)
spacefillr (1)
spacetime (1)
spacrt (1)
spade (0)
spam (5)
spam64 (1)
spaMM (1)
sparkline (1)
sparklyr (13)
SPARQL (1)
SparseArray (1)
sparsebn (1)
SparseGrid (1)
SparseM (24)
sparseMatrixStats (2)
sparsepca (1)
sparsesvd (20)
spatial (48)
SpatialCPie (1)
SpatialDatasets (17)
SpatialDecon (1)
spatialDmelxsim (18)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (1)
spatialLIBD (276)
spatialreg (1)
spatstat (4)
spatstat.core (24)
spatstat.data (34)
spatstat.explore (33)
spatstat.geom (52)
spatstat.linnet (3)
spatstat.model (3)
spatstat.random (39)
spatstat.sparse (33)
spatstat.utils (37)
spatsurv (1)
spd (1)
spData (21)
spdata (1)
spdep (12)
spec (1)
spectacles (1)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (3)
spgs (1)
SPIA (0)
SpidermiR (1)
SpikeIn (59)
SpikeInSubset (117)
splancs (10)
splatter (1)
spliceR (0)
SplicingVizUtils (1)
splines2 (1)
splitTools (1)
spls (1)
splus2R (3)
spocc (1)
SPOTlight (1)
spqnData (36)
spsComps (1)
sqldf (1)
SQUAREM (2)
ssanv (1)
SSDM (1)
ssh (1)
SSPA (0)
stabledist (1)
stabs (1)
StanHeaders (17)
stargazer (1)
stars (7)
starter (1)
startup (5)
StatCharrms (1)
statmod (14)
statnet (1)
statnet.common (3)
statsExpressions (2)
statTarget (0)
STdeconvolve (1)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stemHypoxia (71)
stevedore (1)
STexampleData (269)
sticky (0)
stinepack (4)
stjudem (33)
stopwords (1)
storr (1)
strandannotate (1)
strex (2)
string (1)
stringdist (23)
stringfish (10)
stringi (296)
stringr (221)
striprtf (1)
strucchange (1)
structToolbox (1)
stxBrain.SeuratData (1)
styler (71)
SubcellularSpatialData (14)
subplex (1)
subselect (1)
SummarizedExperiment (4)
summarytools (1)
sunburstR (0)
superheat (0)
SuperLearner (1)
superpc (1)
SuppDists (1)
supraHex (0)
survcomp (1)
surveillance (3)
survex (1)
survey (5)
survival (179)
survivalROC (1)
survminer (3)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
susieR (20)
sva (1)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (33)
svGUI (1)
SVM2CRMdata (27)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
swamp (1)
Swiffer (1)
swirl (1)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (2)
synapser (1)
synapterdata (68)
synbreed (1)
syntenet (1)
Synth (1)
sys (161)
sysfonts (2)
systemfit (1)
systemfonts (233)
systemPipeRdata (213)
syuzhet (1)

T

table1 (2)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
TabulaMurisData (62)
TabulaMurisSenisData (76)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
TailRank (4)
tanggle (1)
tarchetypes (7)
targets (8)
TargetScoreData (45)
TargetSearchData (53)
tartare (77)
taskscheduleR (1)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBX20BamSubset (89)
TCC (5)
TCGAbiolinks (0)
TCGAbiolinksGUI.data (3317)
TCGAbiolinksGul.data (1)
TCGAcrcmiRNA (20)
TCGAcrcmRNA (27)
TCGAMethylation450k (66)
tcgaWGBSData.hg19 (4)
TCGAWorkflowData (99)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TeachingDemos (1)
teal (1)
teal.builder.modules (1)
teal.code (1)
teal.data (2)
teal.logger (1)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.modules.sanofi (1)
teal.osprey (1)
teal.reporter (1)
teal.slice (2)
teal.transform (1)
teal.widgets (1)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (10)
tensorflow (20)
TENxBrainData (109)
TENxBUSData (48)
TENxPBMCData (690)
TENxVisiumData (82)
TENxXeniumData (7)
tergm (1)
tern (2)
tern.gee (1)
tern.mmrm (1)
tern.rbmi (1)
terra (50)
tesseract (1)
tester (1)
testit (1)
testthat (265)
texreg (2)
text2vec (1)
textfeatures (1)
textrecipes (1)
textshape (1)
textshaping (119)
tfautograph (1)
TFBSTools (2)
tfdatasets (1)
TFisher (1)
TFMPvalue (9)
tfrmt (1)
tfruns (15)
tfse (1)
tgp (1)
TH.data (60)
thematic (5)
themeSanofi (1)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibbke (1)
tibble (115)
tictoc (11)
tidybayes (1)
tidycensus (24)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidydr (1)
tidyfst (1)
tidygraph (36)
tidyHeatmap (1)
tidylog (1)
tidymodels (16)
tidyposterior (1)
tidypredict (1)
tidyproteomics (1)
tidyquant (1)
tidyr (187)
tidyrules (1)
tidyselect (150)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySummarizedExperiment (1)
tidyterra (1)
tidytext (4)
tidytlg (0)
tidytree (58)
tidyTree (1)
tidyverse (22)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (4)
tigris (24)
tikzDevice (1)
tiledb (1)
tiledbsoma (1)
timechange (115)
timecoursedata (151)
timeDate (37)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (20)
timeSeries (7)
timetk (2)
tinesath1cdf (28)
tinesath1probe (23)
tinkr (0)
tinysnapshot (1)
tinytest (1)
tinytex (325)
tippy (1)
tis (1)
tissueTreg (48)
TitanCNA (0)
titanic (1)
tkrplot (1)
tkWidgets (1)
tldrm (1)
TLMoments (1)
tm (3)
tmap (1)
TMB (34)
TMExplorer (32)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (2)
TNO (1)
TNRS (1)
TOAST (1)
toastui (1)
tofsimsData (19)
tokenizers (3)
tokupika (1)
tolerance (1)
toOrdinal (1)
topdownrdata (46)
topGO (1)
topicmodels (1)
torch (1)
tornado (1)
Tplyr (2)
tracee (1)
trackViewer (1)
tradeSeq (1)
traits (1)
TrajectoryUtils (1)
tram (1)
transformr (1)
TransOmicsData (6)
transport (1)
tree (1)
treeio (11)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1)
triangle (1)
triebeard (5)
trimcluster (0)
tripack (1)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (5)
truncreg (1)
TSCAN (0)
tseries (8)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsne (2)
tsoutliers (1)
TSP (25)
TSSi (0)
ttdo (0)
TTR (6)
ttservice (1)
tuberculosis (19)
tufte (1)
TumourMethData (25)
tune (16)
tuneRanger (1)
Turnover.cells.pSILAC.TMT (1)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseqCountData (196)
tweedie (1)
tweenr (30)
twilight (1)
twosamples (1)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (1)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
tximeta (1)
tximport (1)
tximportDat (1)
tximportData (821)
txtq (1)
tzdb (82)

U

uatools (1)
UCell (1)
uchardet (1)
ucminf (3)
udunits2 (1)
ufs (1)
umap (14)
Unicode (1)
unigd (1)
UniprotR (1)
unitizer (1)
units (61)
unmarked (1)
unrtf (1)
UpSetR (1)
urca (6)
urlchecker (1)
urltools (1)
usdm (1)
useful (1)
usethis (113)
usmap (1)
usmapdata (1)
utf8 (247)
utilsRmd (1)
utilsStuff (1)
uuid (178)
uwot (74)

V

V8 (31)
validate (1)
valr (2)
VAM (1)
vaplot (1)
variables (1)
variancePartition (1)
VariantAnnotation (2)
VariantToolsData (24)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vaultr (1)
VBsparsePCA (1)
vcd (3)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (314)
vdbR (1)
vdiffr (2)
VectraPolarisData (25)
vegan (12)
vegawidget (1)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (9)
VennDiagram (2)
venneuler (0)
VGAM (16)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (1)
vip (1)
viper (1)
vipor (15)
viridis (181)
viridisLite (126)
viridislite (0)
visdat (1)
visNetwork (5)
visR (1)
vistime (31)
vitae (1)
vpc (1)
vroom (170)
vscDebugger (1)
vsn (1)
vulcandata (58)

W

waffle (1)
waiter (11)
wakefield (1)
waldo (167)
wallace (1)
warp (15)
wateRmelon (1)
waveTilingData (8)
wdm (1)
wdman (2)
weaver (0)
webchem (1)
webdriver (1)
WeberDivechaLCdata (48)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (38)
webshot2 (3)
websocket (1)
webutils (2)
WeightIt (1)
weights (3)
WES.1KG.WUGSC (49)
wesanderson (1)
WGCNA (13)
WGScan (0)
WGSmapp (49)
wheatmap (1)
whereami (0)
whisker (49)
whitening (1)
whoami (1)
widgetTools (1)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (3)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (266)
wk (60)
wkb (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (14)
workflowsets (14)
WorldFlora (1)
worrms (2)
wrapr (1)
Wrench (1)
writexl (19)
WriteXLS (3)
wrMisc (1)
WRS2 (2)

X

xairadiffex (1)
xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
xcms (1)
xcoredata (36)
xfun (369)
xgboost (71)
xgxr (1)
XhybCasneuf (23)
XIFF (1)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
XML (141)
xml2 (199)
xmlparsedata (1)
xopen (15)
xportr (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xrf (1)
xslt (3)
xtable (3)
xts (23)
XVector (2)

Y

yaImpute (1)
yaml (166)
YAPSA (1)
yardstick (22)
yeastCC (101)
yeastExpData (141)
yeastGSData (20)
yeastNagalakshmi (79)
yeastRNASeq (79)
ymlthis (0)
yri1kgv (9)
yriMulti (5)
yspec (1)
yulab.utils (61)

Z

zCompositions (10)
zeallot (1)
zebrafishRNASeq (209)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (1)
zinbwave (1)
zip (153)
Ziploc (1)
zlibbioc (3)
zoo (44)