### R code from vignette source 'AshkenazimSonChr21.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: mychunk1 ################################################### ## text file library(AshkenazimSonChr21) head(SonVariantsChr21) ## vcf file library(VariantAnnotation) fl <- system.file("extdata", "SonVariantsChr21.vcf.gz", package="AshkenazimSonChr21") vcf <- readVcf(fl, genome="hg19") geno(vcf) info(vcf)