### R code from vignette source 'prot2D.Rnw'

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### code chunk number 1: prot2D.Rnw:67-68
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library(prot2D)


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### code chunk number 2: prot2D.Rnw:71-73
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data(pecten)
data(pecten.fac)


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### code chunk number 3: prot2D.Rnw:90-91
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RIplot(pecten, n1=6, n2=6)


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### code chunk number 4: prot2D.Rnw:97-98
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pecten.norm <- Norm.qt(pecten, n1=6, n2=6, plot=TRUE)


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### code chunk number 5: prot2D.Rnw:106-107
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### code chunk number 6: prot2D.Rnw:112-113
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ES.p <- ES.prot(pecten.norm, n1=6, n2=6, f=pecten.fac)


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### code chunk number 7: prot2D.Rnw:137-139
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ES.diff <- modT.Prot(ES.p, plot=TRUE, fdr.thr=0.1, 
                     method.fdr="BH" )


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### code chunk number 8: prot2D.Rnw:142-143
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featureNames(ES.diff)


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### code chunk number 9: prot2D.Rnw:146-147
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head(fData(ES.diff))


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### code chunk number 10: prot2D.Rnw:150-151
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head(exprs(ES.diff))


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### code chunk number 11: prot2D.Rnw:166-168
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Sim.data <- Sim.Prot.2D(data=pecten, nsp=700,
                        nr=10, p0=0.1, s2_0=0.2, d0=3)


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### code chunk number 12: prot2D.Rnw:171-173
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res.stud <- ttest.Prot(Sim.data, fdr.thr=0.1, plot=FALSE)
res.mo <- modT.Prot(Sim.data, fdr.thr=0.1, plot=FALSE)


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### code chunk number 13: prot2D.Rnw:176-177
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featureNames(res.stud) 


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### code chunk number 14: prot2D.Rnw:180-181
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featureNames(res.mo) 


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### code chunk number 15: prot2D.Rnw:184-185
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notes(Sim.data)$SpotSig 


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### code chunk number 16: prot2D.Rnw:190-191
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sessionInfo()