### R code from vignette source 'facopy.Rnw'

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### code chunk number 1: facopy.Rnw:59-61 (eval = FALSE)
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## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("facopy")


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### code chunk number 2: facopy.Rnw:66-67
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library(facopy)


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### code chunk number 3: facopy.Rnw:80-81
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getFacopyInfo()


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### code chunk number 4: facopy.Rnw:86-89
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# myCalls = readCNData("~/myFolder/", "seqcna")
# myCalls = readCNData("~/myFolder/", "gap", pfbFilename="~/myPfb.pfb")
# myCalls = readCNData("~/myFolder/", "cnanorm", window=50000)


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### code chunk number 5: facopy.Rnw:94-95
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data(myCalls)


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### code chunk number 6: facopy.Rnw:100-105
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data(myVariables)
class(myVariables)
head(myVariables)

myStudy = addVariables(myCalls, myVariables, c("continuous","categorical"))


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### code chunk number 7: facopy.Rnw:110-113
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myStudy = addFeatures(myStudy, "oncogene", "hg18")

summary(myStudy)


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### code chunk number 8: facopy.Rnw:142-146
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par(mfrow=c(1,2))
pca1 = plotPCA(myStudy, "any", "age")
pca2 = plotPCA(myStudy, "any", "stage")
head(pca2$eig, 2)


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### code chunk number 9: facopy.Rnw:163-168
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variableSummary(myStudy)

head(alterationSummary(myStudy))

variableCor(myStudy)


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### code chunk number 10: facopy.Rnw:173-175
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myCallsPreview = preview(myStudy)
sapply(myCallsPreview, head, 1)


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### code chunk number 11: facopy.Rnw:182-186
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myArms = c("8q","13q","20q","8p","18q")
myColors = c(rainbow(15)[1:3], rainbow(15)[10:11])

plotBar(myStudy, TRUE, myArms, myColors, ylim=c(-0.4,1))


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### code chunk number 12: facopy.Rnw:193-194
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plotHist(myStudy, "amp", "stage", myArms, myColors, bin=0.1, ymax=80)


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### code chunk number 13: facopy.Rnw:200-201
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plotZoom(myStudy, "arm", "8p", "del", "stage")


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### code chunk number 14: facopy.Rnw:206-207
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plotZoom(myStudy, "feat", "PCM1", "del", "stage")


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### code chunk number 15: facopy.Rnw:234-241
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genes = facopy(myStudy, "del", "stage") #1
head(genes[order(genes$p_value),])

genes = facopy(myStudy, "amp", "stage*age", modelPart="predictor") #2
head(genes[order(genes$p_value),])

genes = facopy(myStudy, "amp", "stage", plot=TRUE, db="gsk_colon") #3


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### code chunk number 16: facopy.Rnw:250-252
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# eCor = calculateCor(myStudy, "~/myExprData.txt")
# eCor = calculateCor(myStudy, "mrna_merged_median_Zscores", "coadread_tcga_pub")


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### code chunk number 17: facopy.Rnw:257-258
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# facopyEnrichment(myStudy, genes, eCor, "~/myFolder/stageAmpEnrichment")


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### code chunk number 18: facopy.Rnw:288-289
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sessionInfo()