### R code from vignette source 'biosigner.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: biosigner.Rnw:62-63
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library(biosigner)


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### code chunk number 3: biosigner.Rnw:68-69
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data(diaplasma)


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### code chunk number 4: biosigner.Rnw:74-78
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attach(diaplasma)
strF(dataMatrix)
strF(sampleMetadata)
strF(variableMetadata)


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### code chunk number 5: biosigner.Rnw:95-97 (eval = FALSE)
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## with(sampleMetadata, plot(age, bmi, cex = 1.5, col = ifelse(type == "T1", "blue", "red")))
## legend("topleft", cex = 1.5, legend = paste0("T", 1:2), text.col = c("blue", "red"))


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### code chunk number 6: biosigner.Rnw:100-104
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pdf("biosigner-figCovariate.pdf")
with(sampleMetadata, plot(age, bmi, cex = 1.5, col = ifelse(type == "T1", "blue", "red")))
legend("topleft", cex = 1.5, legend = paste0("T", 1:2), text.col = c("blue", "red"))
dev.off()


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### code chunk number 7: biosigner.Rnw:119-123
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featureSelVl <- variableMetadata[, "mzmed"] >= 450 & variableMetadata[, "mzmed"] < 500
sum(featureSelVl)
dataMatrix <- dataMatrix[, featureSelVl]
variableMetadata <- variableMetadata[featureSelVl, ]


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### code chunk number 8: biosigner.Rnw:126-129 (eval = FALSE)
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## set.seed(123)
## diaSign <- biosign(dataMatrix, sampleMetadata[, "type"], bootI = 5)
## set.seed(NULL)


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### code chunk number 9: biosigner.Rnw:132-135
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set.seed(123)
diaSign <- biosign(dataMatrix, sampleMetadata[, "type"], bootI = 5, plotL = FALSE)
set.seed(NULL)


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### code chunk number 10: biosigner.Rnw:138-139
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plot(diaSign, file.pdfC = "biosigner-figTier.pdf")


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### code chunk number 11: biosigner.Rnw:173-174 (eval = FALSE)
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## plot(diaSign, typeC = "boxplot")


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### code chunk number 12: biosigner.Rnw:177-178
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plot(diaSign, typeC = "boxplot", file.pdfC = "biosigner-figBoxplot.pdf")


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### code chunk number 13: biosigner.Rnw:191-192
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variableMetadata[getSignatureLs(diaSign)[["complete"]], ]


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### code chunk number 14: biosigner.Rnw:201-203
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trainVi <- 1:floor(0.8 * nrow(dataMatrix))
testVi <- setdiff(1:nrow(dataMatrix), trainVi)


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### code chunk number 15: biosigner.Rnw:206-209 (eval = FALSE)
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## set.seed(123)
## diaTrain <- biosign(dataMatrix[trainVi, ], sampleMetadata[trainVi, "type"], bootI = 5)
## set.seed(NULL)


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### code chunk number 16: biosigner.Rnw:212-215
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set.seed(123)
diaTrain <- biosign(dataMatrix[trainVi, ], sampleMetadata[trainVi, "type"], bootI = 5, plotL = FALSE)
set.seed(NULL)


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### code chunk number 17: biosigner.Rnw:220-221
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diaFitDF <- predict(diaTrain)


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### code chunk number 18: biosigner.Rnw:226-228
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lapply(diaFitDF, function(predFc) table(actual = sampleMetadata[trainVi,
"type"], predicted = predFc))


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### code chunk number 19: biosigner.Rnw:233-238
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sapply(diaFitDF, function(predFc) { conf <- table(sampleMetadata[trainVi,
"type"], predFc)
conf <- sweep(conf, 1, rowSums(conf), "/")
round(mean(diag(conf)), 3)
})


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### code chunk number 20: biosigner.Rnw:243-244
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round(getAccuracyMN(diaTrain)["S", ], 3)


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### code chunk number 21: biosigner.Rnw:249-255
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diaTestDF <- predict(diaTrain, newdata = dataMatrix[testVi, ])
sapply(diaTestDF, function(predFc) { conf <- table(sampleMetadata[testVi,
"type"], predFc)
conf <- sweep(conf, 1, rowSums(conf), "/")
round(mean(diag(conf)), 3)
})


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### code chunk number 22: biosigner.Rnw:262-263
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detach(diaplasma)


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### code chunk number 23: biosigner.Rnw:268-269 (eval = FALSE)
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## sessionInfo()


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### code chunk number 24: biosigner.Rnw:271-272
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toLatex(sessionInfo())


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### code chunk number 25: biosigner.Rnw:283-288
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data(sacurine)
set.seed(123) ##
sacSign <- biosign(sacurine[["dataMatrix"]], sacurine[["sampleMetadata"]][, "gender"],
methodVc = "plsda")
set.seed(NULL)


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### code chunk number 26: biosigner.Rnw:295-302
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library(BioMark)
data(SpikePos)
group1Vi <- which(SpikePos[["classes"]] %in% c("control", "group1"))
appleMN <- SpikePos[["data"]][group1Vi, ]
spikeFc <- factor(SpikePos[["classes"]][group1Vi])
annotDF <- SpikePos[["annotation"]]
rownames(annotDF) <- colnames(appleMN)


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### code chunk number 27: biosigner.Rnw:307-309
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pcaLs <- opls(appleMN, plotL = FALSE)
plot(pcaLs, parAsColFcVn = spikeFc)


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### code chunk number 28: biosigner.Rnw:314-315
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plsLs <- opls(appleMN, spikeFc)


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### code chunk number 29: biosigner.Rnw:320-323 (eval = FALSE)
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## set.seed(123)
## appleSign <- biosign(appleMN, spikeFc)
## set.seed(NULL)


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### code chunk number 30: biosigner.Rnw:328-331 (eval = FALSE)
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## annotDF <- SpikePos[["annotation"]]
## rownames(annotDF) <- colnames(appleMN)
## annotDF[getSignatureLs(appleSign)[["complete"]], c("adduct", "found.in.standards")]


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### code chunk number 31: biosigner.Rnw:338-347
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library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
golubMN <- t(exprs(Golub_Merge))
leukemiaFc <- pData(Golub_Merge)[["ALL.AML"]]
table(leukemiaFc)
varSubVi <- 1501:2000
set.seed(123)
golubSign <- biosign(golubMN[, varSubVi], leukemiaFc, methodVc = "svm")
set.seed(NULL)


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### code chunk number 32: biosigner.Rnw:354-358
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library(hu6800.db)
sapply(getSignatureLs(golubSign)[["complete"]],
       function(probeC)
       get(probeC, env = hu6800GENENAME))


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### code chunk number 33: biosigner.Rnw:363-364 (eval = FALSE)
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## rm(list = ls())