### R code from vignette source 'SEPA.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: SEPA.Rnw:37-44
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library(SEPA)
library(topGO)
library(ggplot2)
library(org.Hs.eg.db)
data(HSMMdata)
truepattern <- truetimepattern(HSMMdata,truetime)
head(truepattern)


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### code chunk number 2: SEPA.Rnw:49-50
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patternsummary(truepattern)


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### code chunk number 3: SEPA.Rnw:55-56
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truetimevisualize(HSMMdata,truetime,"ENSG00000122180.4")


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### code chunk number 4: SEPA.Rnw:64-66
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data(HSMMdata)
pseudopattern <- pseudotimepattern(HSMMdata,pseudotime)


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### code chunk number 5: SEPA.Rnw:71-72
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patternsummary(pseudopattern)


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### code chunk number 6: SEPA.Rnw:77-78
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head(pseudopattern$pattern$constant_up)


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### code chunk number 7: SEPA.Rnw:83-84
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pseudotimevisualize(pseudopattern,"ENSG00000122180.4")


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### code chunk number 8: SEPA.Rnw:89-90
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pseudotimevisualize(pseudopattern,c("ENSG00000122180.4","ENSG00000108821.9"))


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### code chunk number 9: SEPA.Rnw:99-100
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patternGOanalysis(truepattern,type=c("constant_up","constant_down"),termnum = 5)


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### code chunk number 10: SEPA.Rnw:105-106
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patternGOanalysis(pseudopattern,type=c("constant_up","constant_down"),termnum = 5)


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### code chunk number 11: SEPA.Rnw:111-112
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(GOresults <- windowGOanalysis(pseudopattern,type="constant_up",windowsize = 20, termnum=5))


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### code chunk number 12: SEPA.Rnw:117-118
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windowGOvisualize(GOresults)