### R code from vignette source 'RareVariantsVis.Rnw'

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### code chunk number 1: mychunk1
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library(RareVariantVis)
library(AshkenazimSonChr21)
head(SonVariantsChr21)


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### code chunk number 2: mychunk3
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chromosomeVis(file = SonVariantsChr21, sample = "Son", chromosome = 21,
              centromeres = CentromeresHg19, pngWidth = 1600,
              pngHeight = 1200, plot = FALSE)


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### code chunk number 3: mychunk4
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chromosomeVis(file = SonVariantsChr21, sample = "Son",
               chromosome = 21, centromeres = CentromeresHg19, plot = TRUE)


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### code chunk number 4: mychunk5
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head(SonRareVariantsChr21)


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### code chunk number 5: mychunk6
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rareVariantVis(file = SonRareVariantsChr21, sample = "Son",
        chromosome = 21, centromeres = CentromeresHg19)


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### code chunk number 6: mychunk7
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trioVis(fileMother = MotherRareVariantsChr21,
        fileIndex = SonRareVariantsChr21,
        fileFather = FatherRareVariantsChr21,
        sampleMother = "Mother",
        sampleIndex = "Son",
        sampleFather = "Father",
        chromosome = 21,
        centromeres = CentromeresHg19)