### R code from vignette source 'COHCAP.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: inputVariables
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library("COHCAP")

dir <- system.file("extdata", package="COHCAP")
beta.file <- file.path(dir,"GSE42308_truncated.txt")
sample.file <- file.path(dir,"sample_GSE42308.txt")
expression.file <- file.path(dir,"expression-Average_by_Island_truncated.txt")
project.folder <- getwd()
project.name <- "450k_avg_by_island_test"


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### code chunk number 2: annotation
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beta.table <- COHCAP.annotate(beta.file, project.name, project.folder,
				platform="450k-UCSC")


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### code chunk number 3: qc
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COHCAP.qc(sample.file, beta.table, project.name, project.folder)


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### code chunk number 4: site
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filtered.sites <- COHCAP.site(sample.file, beta.table, project.name,
				project.folder, ref="parental")


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### code chunk number 5: island
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filtered.islands <- COHCAP.avg.by.island(sample.file, filtered.sites, beta.table,
				project.name, project.folder, ref="parental")


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### code chunk number 6: integrate
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COHCAP.integrate.avg.by.island(filtered.islands, project.name, project.folder,
				expression.file, sample.file)