### R code from vignette source 'FindingNonCodingRNAs.Rnw'

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### code chunk number 1: FindingNonCodingRNAs.Rnw:47-52
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options(continue=" ")
options(width=80)
options(SweaveHooks=list(fig=function()
	par(mar=c(4.1, 4.1, 0.3, 0.1))))
set.seed(123)


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### code chunk number 2: startup
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library(DECIPHER)


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### code chunk number 3: expr1
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# specify the path to your genome:
fas_path <- "<<path to FASTA file>>"
# OR use the example genome:
fas_path <- system.file("extdata",
	"IhtA.fas",
	package="DECIPHER")

# read the sequences into memory
rna <- readRNAStringSet(fas_path)
rna


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### code chunk number 4: expr2
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RNA <- AlignSeqs(rna)
RNA


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### code chunk number 5: expr3
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p <- PredictDBN(RNA, type="structures")
BrowseSeqs(RNA, patterns=p)


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### code chunk number 6: expr4
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RNA <- unique(RNA)
t <- TerminalChar(RNA)
w <- which(t[, "leadingChar"] <= median(t[, "leadingChar"]) &
	t[, "trailingChar"] <= median(t[, "trailingChar"]))
RNA <- RemoveGaps(RNA[w], "common")


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### code chunk number 7: expr5
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y <- LearnNonCoding(RNA)
y


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### code chunk number 8: expr6
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y[["motifs"]]


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### code chunk number 9: expr7
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y[["hairpins"]]


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### code chunk number 10: expr8
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head(y[["kmers"]])
tail(y[["kmers"]])


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### code chunk number 11: expr9
###################################################
# specify the path to your genome:
genome_path <- "<<path to genome FASTA file>>"
# OR use the example genome:
genome_path <- system.file("extdata",
	"Chlamydia_trachomatis_NC_000117.fas.gz",
	package="DECIPHER")

# read the sequences into memory
genome <- readDNAStringSet(genome_path)
genome


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### code chunk number 12: expr10
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FindNonCoding(y, genome)


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### code chunk number 13: expr11
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data(NonCodingRNA_Bacteria)
x <- NonCodingRNA_Bacteria
names(x)


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### code chunk number 14: expr12
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x[[length(x) + 1]] <- y
names(x)[length(x)] <- "IhtA"


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### code chunk number 15: expr13
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rnas <- FindNonCoding(x, genome)
rnas
class(rnas)


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### code chunk number 16: expr14
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annotations <- attr(rnas, "annotations")
m <- match(rnas[, "Gene"], annotations)
sort(table(names(annotations)[m]))


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### code chunk number 17: expr15
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ExtractGenes(rnas, genome, type="RNAStringSet")


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### code chunk number 18: sessinfo
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toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)